《疑犯追踪第3季》剧情介绍第1集：
机器的下落不明，而且完全处于「自我管理」状态，但仍然给Finch提供看似「毫不相关」的号码，帮助他确定那些身处险境之人的身份。
机器提供的新号码指向一名海军官员，他和许多水手都已经来到纽约过「舰队周」(每年一度的水手集会，每年的5月海军军舰和空中救援队突然出现在城中，士兵们穿着正式的白色水兵服，场面很特别)。放眼望去，纽约的大街小巷上到处是穿白色水手服的士兵和军官，究竟谁才是Finch要找的人?他指派Reese和Shaw完成任务，这可给他们出了一道难题。
与此同时，Carter遭腐败的警察犯罪组织HR陷害，被降职为街头巡警。但她并未放弃与HR组织的斗争，相反，她设下一个计策要将他们一网打荆Root身处精神病院，她决定对自己的周遭环境进行一番试探。
《疑犯追踪第3季》剧情介绍第2集：
机器提供了一个互联网大亨的号码。此人善于入侵并窃取他人的隐私，并将隐私当做赚钱的工具——现在他自己的隐私竟然被人窃取了，这令他如坐针毡。
当他的生活开始失控时，Reese奋力保护他，而Finch呼叫Shaw、Carter和Fusco一起参与案件调查，希望找到那个攻击他的人。
与此同时，降级为街头巡警的Carter被迫与菜鸟MikeLaskey搭档，这让她有些不高兴。
《疑犯追踪第3季》剧情介绍第3集：
Reese和Finch关注的下一个可疑对象是变色龙般狡猾的花花公子——他要么是个专门残害女性的恶魔，要么是别人的猎物。
为了引诱他上钩，Reese和Finch找来他们最熟悉的三个女人——Carter、Shaw和ZoeMorgan，把她们打扮得花枝招展地去当「诱饵」。
与此同时，一个危险的敌人正在追踪Root，机器帮助她策划逃离精神病院的方案。
《疑犯追踪第3季》剧情介绍第4集：
机器提供了纽约市一位著名律师的号码，Reese和Finch必须尽快查清她是否精心策划了丈夫的谋杀案。
或者……她是被人陷害的?与此同时，Carter的新搭档Laskey看到她和Reese(「那个西装革履的男人」)在一起后颇有微词，Carter意识到她必须先解决自己和Laskey之间的问题。
《疑犯追踪第3季》剧情介绍第5集：
机器提供了一个10岁女孩的号码，Finch和Reese让Shaw寸步不离地保护她。在此期间，小女孩展现出令人惊讶的「监控技巧」，令Shaw十分佩服。
Shaw很快意识到机器提供小女孩的号码或许正是这个原因。与此同时，Carter继续从事揭露犯罪组织HR的秘密任务，但某些事情的发生可能导致她的行动提前曝光。
《疑犯追踪第3季》剧情介绍第6集：
Root刚刚脱离精神病院的监禁就收到机器的直接指示：她必须与Shaw合作进行一项任务。如果Shaw不肯顺从，Root可以动用一切必要手段!
与此同时，Reese和Finch获得一个性情温和的房地产调查员的号码。为什么这样一个人会成为「可疑对象」?他们必须尽快找到线索。
《疑犯追踪第3季》剧情介绍第7集：
Finch和Reese要调查的下一个可疑对象是一名催眠师，但他们很快发现此人并非单纯是一个能够掌控他人心灵的「精神大师」，而是有不为人知的一面。
与此同时，Carter全力追踪一个与犯罪组织HR有关联的古董商人。
《疑犯追踪第3季》剧情介绍第8集：
Finch等人和HR组织的全面战争一触即发，但是机器选择在这个时候给他们添乱……它一口气吐出了38个不同的号码，让他们吓得目瞪口呆!Finch很快发现这些人都与一个神秘人存在某种关联，而这个神秘人正在煽动HR组织和俄罗斯黑帮发生内讧。
与此同时，观众将通过回忆情节了解Carter的背景，包括她当年与「孩子他爸」PaulCarter(LazAlonso)的关系。Root没有出现在本集中。
《疑犯追踪第3季》剧情介绍第9集：
对抗犯罪组织HR的战争达到新的高度，但是要想将这帮坏蛋绳之以法，POI团队就必须面对巨大的危险。与此同时，机器突然给出了Reese的号码，POI团队面临他们所遇到过的最大的威胁。
《疑犯追踪第3季》剧情介绍第10集：
Carter遇害后，POI团队发誓要尽快找到凶手为她报仇，并且结束这场与HR组织旷日持久的战争，但Finch意识到他们当中的一人可能走得太远了——他不仅可能丢掉自己的性命，还会危及整个团队的安全。
与此同时，机器提供了纽约警署警官、HR犯罪组织的关键成员PatrickSimmons的号码。这是一个三集故事的最后一部分。
《疑犯追踪第3季》剧情介绍第11集：
通过回忆的方式描述Finch青春年少时的故事——包括他创造机器的内幕.与此同时,机器提供的新号码指向一个已经死亡的人.与HR犯罪组织的战争重创Reese的心灵,他决定离开POI团队.
