故事的开头如同《迷失》一样，始于一架即将出事的飞机。在迫降之后飞机上所有人都死于一种神秘的病毒，FBI以及各方调查组介入调查。但这只是故事的开始，接下来FBI的女特工奥利弗-邓哈姆（Olivia Dunham）和高智商天才彼得-毕舍普（Peter Bishop）将携手面对一系列匪夷所思的可怕现象。为了阻止危机的进一步扩展，他们将寻求彼得早已疏远的父亲的帮助。而他的父亲沃特-毕舍普博士（Dr。 Walter Bishop）则一直被精神病院所收留。出院之后，三个人组成的调查小组开始对各种离奇事件进行研究。 随着遇到的事情越来越棘手，沃特-毕舍普博士背后不为人知的一面也逐渐浮出水面。片中出现的一个名为巨能（Massive Dynamic）的前沿科技公司也跟沃特-毕舍普博士颇有渊源，提供它的创始人曾跟他同在一个实验室共事。但巨能公司的诡秘行为却不得不让人怀疑它跟一系列神秘事件脱不开关系，不过偶尔也会为奥利弗等人提供一些帮助，这让它的真正目的变得更加扑朔迷离。到底巨能公司是为了拯救人类不遗余力的正义天使还是妄图将整个地球变为自己可以为所欲为的实验室的幕后黑手？随着奥利弗等人的深入调查，真相将逐渐水落石出。
《危机边缘第5季》剧情介绍第1集：
大部分故事将发生在2036年。故事从Peter、Astrid和Walter三人逃出隔离琥珀开始，他们首先要找到Olivia，团结边缘案件调查组的全部力量来对抗敌人。但要打败观察者就必须解开封锁在Walter大脑中的关键信息，这也意味着他们需要William Bell的帮助。Peter和Olivia的女儿Etta将全力协助父母拯救世界，但她与母亲的初次见面充满了忧伤气氛。
《危机边缘第5季》剧情介绍第2集：
为了得到他们急需的重要信息来拯救世界，Peter、Olivia、Etta、Walter和Astrid必须重返Walter的哈佛实验室。他们要如何冲破观察者及其走狗设下的重重封锁？
《危机边缘第5季》剧情介绍第3集：
Fringe团队继续在暗中从事反抗观察者入侵的活动。不可预知的事件引领他们来到一处森林，在那里，他们遇到了一个奇怪的亚文化族群——他们声称自己致力于记录人类的历史，但是从不进行干预。
《危机边缘第5季》剧情介绍第4集：
Walter、Olivia、Etta、Astrid和Peter跟踪一条线索来到敌占区，进入一处戒备森严的地方。Phillip Broyles突然出现，但……他值得信任吗？
《危机边缘第5季》剧情介绍第5集：
Etta死后，所有人的情绪都跌入低谷。其中一人做出令人震惊的举动。
《危机边缘第5季》剧情介绍第6集：
Peter给自己注入观察者的脑部强化装置后，开始扮演一个新的角色。与此同时，Walter开始寻找一个至关重要的部件，这东西关系到他对抗观察者的计划能否最终实现。
《危机边缘第5季》剧情介绍第7集：
在争取人类自由的战斗中，一名边缘案件调查组的成员自行策划并制造了一个边缘事件。
《危机边缘第5季》剧情介绍第8集：
在为Walter寻找某设备的关键部件时，Olivia遇到一个名叫Simone的人。此人拥有超凡直觉力，简直像个能预知过去未来的「神使」。与此同时，Peter继续跟踪观察观察者头目Windmark，却陷入危险境地。
《危机边缘第5季》剧情介绍第9集：
为了记起击败观察者的一项计划，Walter决定重走老路——用迷幻药来帮助自己回忆过去。与此同时，Peter和Olivia追踪一个神秘的信号来到树林里，看到了一个诡异而可怕的场景。
《危机边缘第5季》剧情介绍第10集：
本集是全剧最后一个独立故事，后面的三集将构成大结局。留给Walter、Peter、Olivia和Astrid拯救世界的时间已经不多了，但要击败观察者，他们必须取得一件十分关键的东西。NinaSharp向他们伸出了援手，并构想了一个大胆的计划。本集过后，该剧将停播到1月11日。
《危机边缘第5季》剧情介绍第11集：
故事时间将跳跃到2609年，Windmark为获得他想要的信息而回到属于他自己的时代。Walter和Peter的关系得到进一步明确。在这条时间线上Walter不记得前三季他和Peter在一起经历的风风雨雨，这让很多观众感到失望，这个问题将在本集得到解答。
《危机边缘第5季》剧情介绍第12集：
Michael被Windmark上尉带到自由岛上进行审讯，Windmark想要刺探Michael的大脑，然而Michael的意念力远胜过Windmark。Windmark恼羞成怒，命令对Michael进行全面分析。在得知Michael的情感可以帮助他掌握超越观察者的智慧后，Windmark返回2609年向上级汇报。
《危机边缘第5季》剧情介绍第13集：
九月完成了他的时间机器，但最重要的「反应器」已经不能用了。于是九月去找当年和他一起来到这个时代的十二月帮忙。十二月有很多顾虑，但最终还是答应了。
