在《庆余年》中，神庙的阴谋就是组织人类世界快速发展，神庙认为上个人类文明之所以灭亡就是因为发展过快，所以神庙不想再让人类重蹈覆辙，所以一直插手干涉人类的发展。

神庙后来还和庆帝达成了协议，神庙帮助庆帝稳固政权，而庆帝帮助神庙阻止人类文明继续发展。叶轻眉就是因为想要创造一个平等的世界，所以不被神庙所允许，一直被神庙追杀，最后被庆帝杀死。不过庆帝杀死叶轻眉不是因为神庙，而是叶轻眉太厉害了，庆帝觉得叶轻眉在的话会影响自己独掌大权，所以才设计杀死了自己的爱人。

神庙的真身其实就是一个军事博物馆，这事上一次核战争后遗留下来的地方，里面保存着很多先进的科学技术和武器。神庙想将现在的人类文明将文明定格在封建时期，所以创造出了神庙使者，让他们帮助神庙来实现这个目标。