第1集剧情介绍：Clarke失联被抓
John在被困的房屋里找不到出路，在第96天即将崩溃时，门打开了，他跑到了Jaha(以赛亚?华盛顿饰)所在的那个人工智能所在的屋子便昏迷了。林肯和Bellamy准备去7区侦查。Abby认为Clarke(伊莉萨?泰勒饰)或许就在第7区，Monty和Jsper也跟着Raven一行人前往7区。在路程中，他们发现了方舟的下落在8区。在去往8区的路上，遇到了冰之国的人，为了拿回信标他们杀死了冰之国的侦察兵。之后前往了4区，从中打听到了Clarke的消息，于是一同去寻找Clarke。而Clarke此时正在躲避山地人的追踪。
Jaha试图说服John帮助人工智能完成其100年前就在做的事，就在这时，Emori坐着船过来了，原来，Emori早就投奔了人工智能。去找Clarke的Bellamy一行人在加紧赶路，而Clarke被山地人抓住。
第2集剧情介绍：冰之国天空人战斗即将触发
Bellamy一行人来到4区，一下车就被人抓住了。而出乎意料的是带头的竟然是认识的，就是从方舟上下来的成人们，其中就有Monty的母亲。他们告知了方舟的人他们需要找到Clarke(伊莉萨?泰勒饰)。而在Clarke这边，她和冰之国的人做了生死搏斗，但却没能逃出。
这时Nyko受到冰之国的攻击，负伤回到方舟基地，而Nyko是RH阴性血，其他人的血不能为其供血。这时Bellamy一行人跟到了Clarke和抓她的冰之国赏金猎人，但周围都是冰之国的人，他们无法冒失前行。和Jaha(以赛亚?华盛顿饰)去往光之城的一行人里，Emori趁Jaha不备偷走了科技背包，和John跑走了。
Bellamy一行人在冰之国边界，得知了方舟另一些人在雪地降落，但很多遭到了冰之国的人的杀害。这时，Jaha找到John，抢回了背包。Bellamy继续跟踪赏金猎人，想救回她，但却不幸负伤。
第3集剧情介绍：伟瑟山遭到攻击 天空人损失惨重
部落人的司令和部落首领们开会讨论，冰之国的人不臣服便被踢下了高塔。而天空人基地的一行人前去解救Clarke(伊莉萨?泰勒饰)，而Bellamy一行人进到了基地。而在Clarke这边，冰之国赏金猎人和她谈条件，一起想要杀死司令。这时，天空人得知峰会是个陷阱，但还是只能前往。Marcus和Abby来到峰会，看到这里不再是一片荒芜的地表。
司令Heda被Clarke叫过来，她用刀想杀死Heda，但却没有能够下手。到了晚上，Abby终于见到了Clarke，Clarke告诉峰会中Heda想要让天空人成为第十三个部落，就能加入联盟，Marcus和Abby同意了。Clarke将要臣服于Heda。就在晚上峰会进行时，Bellamy一行人闯到了峰会，说峰会是陷阱，但发现这可能是Echo的阴谋。冰之国的人来到伟瑟山，启动了自毁程序，而Raven还在里面，Gina也死掉了，就这样，伟瑟山里的天空人全被炸死了，除了Raven和Sinclair。Clarke留下，其他人回到方舟领地准备发起反攻。
第4集剧情介绍：Pike成为新任法官
天空人的同胞在伟瑟山被袭击，失去了大半同胞，此时Abby一行人正在商量回击的事。Heda要和冰之国女王进行决战，Heda亲自出站，而冰之国女王让他的王子出战。司令部派来一支所谓的维和部队到方舟领地外，Abby解释无用。方舟的人十分不满，发生了内部矛盾。第二天，在角斗场，Heda和冰之国王子决斗，而冰之国女王被杀死，其子成为国王。
夜晚，方舟的Bellamy和Pike一行想要袭击外面的维和部队，被Lincoln阻止，许多天空人站到了Pike这一边。Pike通过选举成为新一任法官，带领方舟的人去袭击维和部队。
第5集剧情介绍：Clarke说服Heda放弃攻打方舟
Bellamy一行人回到方舟领地，没有人受伤，而在方舟外的地表人全部被消灭，Abby感到十分不可思议。Heda和Clarke(伊莉萨?泰勒饰)赶到维和部队所在地，受伤的地表人告诉他们是Pike袭击了他们，于是通过无线电联系到了Marcus去方舟外取得联系。Jaha(以赛亚?华盛顿饰)来到了方舟领地，也带来了科技背包。但法官Pike并不相信Jaha所说的光之城。Clarke来到方舟里，见到Bellamy，Bellamy将Clarke拷在了方舟里。Clarke和Octavia(玛丽?艾格洛浦路斯饰)逃脱出去，计划下一步行动。
Clarke找到Heda，说服了她不要攻击。而Raven吞下了晶体，见到了阿莉。
第6集剧情介绍：天空人想要攻打地表人扩张领地
Clark和Heda在司令部，Heda从梦中惊醒，血债血偿是司令部的处世之道，而Heda害怕人们觉得她背叛。这时，阿兹哥达国王送来礼物给Clark，他们打开箱子，是Emerson，Emerson暴怒攻击Clark，被警卫带走。Octavia一行人被Pike派在基地外秘密探查，发现一个地表人孩子，马上追上去，Octavia救了这个孩子，告诉Marcus并不知道Pike的计划。Abby在检查Raven在吞下Jaha的光之城钥匙后有无异常，另一边Jaha正在给更多的人服下光之城钥匙。而Pike正准备扩张领土，他想杀死更多的地表人来取得土地。
Reven在加入光之城之后，要帮人工智能找到她的第二个版本。方舟领的的人准备去4区掠夺土地了。Octavia比军队先来到地表人村庄，告知了他们方舟人的到来，让他们放弃土地，她想要阻止战争。而在司令部里，Clark依然反对攻打方舟基地，于是她和Heda与其他地表人们陷入了僵局。Abby没收了Jaha的所有钥匙，要做一些实验来证明这个没有副作用。而在4区的地表人正在布置陷阱埋伏Pike一行军队，他们射出了毒烟雾，击退了天空人。
在司令部里，Heda要Clark杀死Emerson，而Clark放弃了，而这也映视了血债不必血偿的理念，希望用此理念告诉所有地表人要和平。Pike正在寻找方舟营地里的叛徒。而Jaha和Reven继续寻找人工智能的第二程序。
第7集剧情介绍：Trikru司令死亡 发现新的人工智能
在司令部里，正在审讯John，他们问光之城钥匙是怎么来的，John只能说是Jaha给他的。原来在100年前，阿莉逃脱出控制进入网络制造了地球上得核战争，她认为地球上的人太多了。部落人带着Octavia来到司令部里请求真正的正义，因为天空人攻击了他们。联盟决定，将方舟人们困住，并让方舟人废除Pike，但大多数的部落人还是觉得要复仇。John在司令部里发现了第十三个空间站。在多年前，方舟上的博士在研究阿莉二代，就是位子弥补阿莉一代所犯下的错误，在他们要加入方舟是，博士将舱体发送到了地球。司令部即将执行封锁方舟的命令。John想要逃脱单倍制服，他答应展示空间站的故事。
在司令部，Clark准备回去方舟了，在出发前，Heda被Titus拿枪枪误伤，失血过多而死。而在多年以前降下的博士正是降到了司令部，而在Heda颈后埋藏了，就是当时的人工智能。
第8集剧情介绍：Kane被Pike判处死刑
方舟的人发现了地表人的意图，他们被困在了封锁圈。天空人接到了地表人信使，他们要天空人交出Pike，而Bellamy杀死了信使，这代表了他们要反抗地表人的制裁。而Pike下令监控方舟里的人，因为他认为自己的决定有泄露。Marcus得知这个消息，变得更小心谨慎。他找到Pike谈话，想让他自首，但Pike坚定的拒绝了并表示要向地表人开战。Bellamy抓住了Sinclair，他想帮助Marcus破坏Pike的袭击行动。Pike将Sinclair关起来，并没有处死。这个时候Reven利用Jasber找到了第二代阿莉的程序密码。
Marcus找到Bellamy希望他加入，但Bellamy并没有这样的意图。Reven发现她在吞下光之城钥匙后似乎忘记了之前的一些事，原来这会让人忘记自己爱的人和事。这个时候，方舟监狱的人越狱了，Marcus开始了他的行动，他讲Pike制服并想要运出营地。在门口被Bellamy拦下了。Pike判处Marcus叛国罪等罪行，执行死刑。
第9集剧情介绍：Ontari成为新任司令 Lincoln被处死
司令部里，即将开始下一届司令的选举。而Clark和John要逃走，而Clark想要Trikru的学生赢得选举，这样才能保证天空人不受攻击。Kane和所有地表人关在监狱中，Pike来到门口告诉他们黎明执行死刑。Bellamy和Monty想要救下他们。而在选举中，冰之国的Ontari赢得了胜利，它将成为下一任司令。而Bellamy出营地见Octavia被其击晕，Octavia要去解救Kane和Lincoln一行人。就在Pike要处决Kane几个时，发现他们的路线被暴露，只好延缓行刑时间。
Clark想要偷走司令的火种，被发现了。这时Ontari来了，Titus让Clark先藏起来。她来准备成为下一任Heda。Titus支走Ontari，听Clark说知道Luna，而Luna就是上一届选举逃跑的人，而Titus让她带着火种走，她成为了辅佐官。在方舟基地，Octavia营救了Kane一行人，而Lincoln被迫回去。Ontari得知了火种丢失，而Titus则被冰之国的人杀了，John则留在了司令部，Ontari没有火种但还是上任了。Lincoln回到方舟领地，他要被执行死刑，Octavia远远的看着Lincoln的死，却无能为力。
第10集剧情介绍：方舟绝大多数人吞下钥匙被阿莉控制
Kane等一行人回到之前藏身的山洞里，Bellamy问Lincoln去哪了，Octavia告诉他Pike把Lincoln打死了，她对Bellamy拳脚相向，打得Bellamy一脸血。在司令部里，Ontari的上任受到威胁。原因就是火种并不在她的身上。Reven在努力的想摆脱阿莉在她的脑海中，Abby和Jasber进入房间找到她，Reven让他们赶走脑海中的东西。而Monty要马上离开方舟营地，因为Pike知道了他帮助了Kane逃离。而躲藏起来的Kane一行人接到了Monty的求救，而Kane去接应他，同时Kane把Bellamy已经当做敌人。
Reven还在努力的想要把阿莉和她的链接阻断，阿莉将她的记忆还给了她，Reven近乎崩溃，她向阿莉顺服了，被人工智能所控制，其他人用麻醉剂昏迷了Abby。而Kane去接应Monty时，Pike果然跟踪了Monty，将他们都抓住了。Bellamy
带Pike去寻找剩下的藏在山洞里的人。阿莉用Reven的身体和Abby对话着，想要让她也吞下光之城钥匙。阿莉用Reven的性命做要挟，让她吞下了钥匙。在司令部里，John暂时担任了Ontari的辅佐官，帮她平息了部落里的小骚动。
Bellamy带着Pike和Kane一行人来到封锁线，让地表人带走了Pike，而Kane和部落的人一起去了司令部。Jasber挣脱了束缚，跑出去一看，Abby也吃下了芯片，她找到Reven的身体，将她带走了冲出营地，身后吃了钥匙的人紧追不舍，在门口Jsber正好遇到了刚回来找Linclon的Clark，来不及解释就将她带上一起逃了。
第11集剧情介绍：Reven摆脱人工智能 恢复意识
Jasber带着Clark找着Bellamy一行人所在的山洞。而在山洞里，Octavia还在责怪Bellamy将Lincoln害死了。这时，Jasber赶来了，大家一起想救下她，阿莉让Reven找到她自己所在的位置，于是Jasber又只能给她上一剂麻醉剂。
Clark来到了当时避难的Niylah那里，因为她在哪里还看见过一个手环。Reven被绑在床上挣扎着，Clark说服了Niylah帮她找到手环，而Reven竟然冒着自己受伤的情况想要挣脱控制。Clark借Reven告诉阿莉，如果让Reven死了就永远得不到火种，也就是第二代阿莉，这才让阿莉住手，Reven也才放弃了挣扎。他们轮流照看Reven，而Reven受到控制的情况下，并不在乎他们的照料。Monty和Octavie去到运输船找手环需要的电磁铁，而阿莉也知道了，要去那里找他们。Monty从运输船出来，发现Octavia不见了，但
是Monty的妈妈却出现了，Monty发现了异常，他的妈妈也吞下了钥匙，在他们搏斗时Octavie出来救Monty，在Monty妈妈将要把Octavia杀死时，Monty无奈地开枪打死了他的妈妈。
在回来的车上，Octavia手上也拿着一块钥匙，她似乎也承受不了Lincoln的死带来的痛苦想要吞下钥匙。而Reven发现了她所在的位置，其他吞下芯片钥匙的人就要赶到。这个时候Monty和Octavia回来了，他们带来的电磁铁可以切断Reven和阿莉的联系，阿莉想要Reven自杀，但没有成功，在电子脉冲之后，Reven昏了过去。Clark从Reven的后颈取出了芯片的残留物，Reven醒了过来，恢复了意识。这时Monty才发现，原来他可以就他妈妈的，很是后悔和沮丧。Reven告诉了Clark第二代阿莉可以阻止第一代，于是他们决定去找可以继承第二代阿莉的人。而阿莉这个时候要做的就是杀光他们所有人。
第12集剧情介绍：Clark寻找Luna阻止阿莉一代
山地人找到了其他天空人藏身的洞穴，抓住了他们。Clark一行人准备去寻找Luna，让她植入阿莉二代，这样就可以阻止阿莉一代了。他们回到方舟领地，发现一个人也没有了，他们进入基地，打包所需要的东西。Octavia回到Lincoln的房间，她又回想Lincoln，十分伤心，在整理Lincoln遗物的时候，她发现了Luna所在地的地图，而这时，山地人却进来了，击晕了他们Jasber和Octavia。
Reven似乎发现了二代阿莉的激活方式，有一个特殊的口令。而口令很可能就是Trikru平时时常说的一句话，Clark努力的回想着，于是，他们真的打开了二代阿莉，但他们还是不能接收到二代阿莉的信息，因为必须要有夜之血脉的人作为宿主。这个时候Clark发现了这里似乎有其他人，她和Monty随着音乐走过来，却遭遇了山地人Emerson的瓦斯，Clark赶紧跑出找到了Bellamy，他们一起进去找他们
，却没有发现，而Emerson袭击了Reven，并将Sinclair杀害。当Clark和Bellarmy赶到时，Emerson已经带着Monty，Reven等人去了其他地方，Clark通过对讲机联系到了Emerson，要去见他。而Bellamy准备掩护她杀掉Emerson。J
Jaha找到Ontari，告诉Ontari不用做一个假Heda，并让Ontari抓走了John，Jaha给了Ontari芯片。Clark找到了Emerson，Emerson利用同伴们抓住了Clark并要处死他们，Clark奋力反抗，在最后一刻救下了他们。夜晚，Bellamy找到了Lincoln的尸体带到基地，Octavie痛哭不已。他们将Lincoln和Sinclair进行了火葬，众人在默哀之后准备去找Luna，而Reven和Monty一行人留在方舟领地。而Ontari这时已经吞下了芯片，阿莉成为了掌控权力的人。
第13集剧情介绍：所有人都吃下芯片 Clark找到Luna
Pike被带到司令部，而Kane也跟随着一起到来。而整个司令部已经被阿莉所控制，而Pike不愿意吃下钥匙，被带走，Kane也同样不愿意，被套上了头套，而吃下芯片Abby要去劝降他。
在6年前，Jaha让Pike教出一对野外求生的队伍，送到地面。这个时候Clark一行人正在去寻找Luna的行程中，他们听到了水的声音，随着河流向前，发现并没有村子，只有几块石头，Octavie很是崩溃。这个时候Pike被关了起来，而监狱中还有John等人。Clark在小岛生活想要扎营，Octavie发现将信号丢入火中便可以发送信号。Abby找到被关起来的Kane，想要通过Kane找到Clark，来阻止阿莉二代被激活。而Kane发现了Abby的不对劲，Kane被绑在了十字架上，手上被钉上了钉子吊起来。
Bellamy在为Lincoln的死懊悔，他也正因此失去了他妹妹Octavie的信任，Clark来安慰他。这个时候，有地表人人来按到了他们，在弄清楚他们是Lincoln让他们来的之后，他们喝下了药剂，上了Lincoln同伴的船。此刻，在Indra折磨Pike的时候，John站出来讲话了，告诉他们真正的敌人不在监狱里，而是在外面，所有人都吃下了芯片，他们才是敌人，Pike逃过一死。此时，Kane还在被吊着，他忍受着痛苦但依然不愿吃下芯片，Jaha用Abby的性命作为要挟，Kane才终于肯吞下钥匙。
Clark一行人被地表人带到了一处隐秘地点，见到了Luna，Clark将阿莉二代给了Luna，但Luna并不接受和其融合。Clark走出一看，他们正处于一处荒废的海上钻井平台上
第14集剧情介绍：Luna不想做火种继承人
在司令部里，被关在一起的部落人和天空人们在讨论怎样逃出去，只有吞下钥匙才会放他们出去，警卫进来，发现Pike受了伤，说明有人没有拴好，Intra趁机打死了警卫，帮助人们逃脱，也从John空中得知，只要毁掉Jaha手上运行人工智能的背包就或许就可以毁掉阿莉一代。在幻想的光之城里，阿莉和Jaha在讨论如何阻止Pike，Intra和John破坏背包，他们准备再一次利用Emori一次来阻止John一行人。
而在Clark这边，他们在废弃的钻油平台上，Luna要他们永远离开，她并不想植入阿莉二代，Luna找到Octavie，和他讲了关于Lincoln的事。而Reven和Monty在方舟基地查到了阿莉所有控制的人，有上千个，而他们正在想尽办法来阻止阿莉的扩张。Clark在考虑要不要直接将阿莉二代塞入Luna的身体，不再经过她的同意。而Bellamy和Octavie也觉得这个方法可行。
而Reven这个时候发现了阿莉一代所隐藏的代码想要进去探测。而Monty不同意，因为已进入系统就会被发现，只能在外部探测。Clark单独找到了Luna，谈论起Lexa，Clark告诉Luna可以拯救更多的人，Clark想要直接将阿莉二代启动，但不料却被Luna躲过，没有成功。Emori带着背包来到圣殿，而John等人在此等待着，趁机获取了背包。而Clark似乎发现了阿莉已经成功上到了钻井台上面，Luna的同伴正在攻击她。Luna被绑了起来，阿莉想逼她吞下阿莉一代。而这边的Pike一行人在圣殿想要破坏掉阿莉的人工智能背包。而Reven趁Monty睡着的时候进入了阿莉的系统，而阿莉找出了Monty的妈妈和他对话来拖延时间。而Monty并没有受骗，删除了阿莉的代码，而移动端背包就成了阿莉的最后电源。而这时Pike破坏了背包，但还是太迟了，并没有破坏到代码，而阿莉将自己的代码转到了太空中的方舟剩下的航天器里。
而Clark这边，他们终于逃出了被关押地点，去寻找Luna，而Luna此时正在受威胁要吞下芯片。而Luna杀死了吞下芯片的人，脱离了控制。而Luna终于同意了注射火种，而在就要举行仪式之前，Luna让Clark他们喝下了一杯酒，而酒中的药让他们昏迷，将他们送出了平台，儿Luna还是没有接受火种。
第15集剧情介绍：Ontari死亡 Clark计划失败
Clark一行人开着车准备回去，但他们没有夜之血脉的人来激活阿莉二代，他们回去之后也会无处可躲。Clark独自一人走进了树林里，看着火种有些不知所措。而这时，阿莉控制的人想要来抢夺火种，被躲在后面的冰之国国王Roan阻止了。他拿走了火种，但却被Bellamy带个正着，他们计划着要将芯片植入Ontari体内。于是一行人一起回到了方舟领地。
Roan想要得到冰之国国王的地位，而Clark将火种植入Ontari之后就可以帮他实现，于是就达成了合作，他们要在艰难的情况下从司令部把Ontari绑架出来。而他们的情况被阿莉熟知，难道他们中间有间谍？Clark，Bellamy和Roan在边缘地带准备分开，Clark要和Roan一起进入。
Monty和Jasber在一起，Jasber知道了Monty和Reven想要黑掉阿莉一代的计划，于是Jasber拿起螺丝刀捅向Monty，原来Jasber就是那个吞下芯片潜伏的间谍。Monty挣扎着跑去和Reven回合，而他们要马上通知Clark，因为他们正走向阿莉的陷阱。Clark和Roan走进了司令部，他们见到了Jaha，而Bellamy一行人被抓住，Roan让Clark逃走，单不幸人太多被抓了，而Roan被击中了。而在方舟营地里，Jasber还在用语言想蒙骗Monty和Reven来阻止他们破坏阿莉。
Clark被绑住，要接受严厉的拷打来问出激活阿莉二代的口令，而进行拷打的就是她母亲Abby。而阿莉就要用Bellamy来威胁Clark。而在押解Bellamy的时候，John和Pike，Intra来到解救了他们。他们准备上塔去解救Clark，而Octavie看到了Pike，充满了对他的仇恨，但死人帮不上忙，就只能忍住。这时，有人来阻挠他们，多人都负伤，但是却没有人停下。Reven和Monty在方舟领地终于接通了阿莉的系统，但Jasber用Haper的性命来要挟他们不准破坏阿莉的系统。而另一边，阿莉也用Abby的生命来要挟Clark，Abby掉在绳子上要被勒死，但Clark却不能说出口令。而阿莉为了不让Bellamy他们找到Ontari，将她打死，伤势严重。Bellamy赶到后救了Abby，但却失去了夜之血脉。而Jaha带着火种逃走了。
第16集剧情介绍：Clark消除了阿莉 但人类还面临着巨大威胁
Clark用点击取走了Abby后颈的芯片，Abby恢复了神志，而Clark想要将火种放入自己的身体里。大家都反对，因为火种会杀死没有夜之血脉的人。这个时候，被阿莉控制的人想要爬上塔去，时间紧迫。
在方舟营地里，Jasber威胁着Reven和Monty，而Monty绕道后方，解救了Haper，将Jasber打昏。而Clark也准备和Ontari通过换血的方式来进行火种的融合，而融合成功了，她也知道了怎样去干掉阿莉，就是要吞下芯片去光之城找到自杀代码。而她吞下了芯片，来到了光之城，在光之城里，她看到了很多吞下了芯片的人，而这些人并不能看到Clark。在塔上面，Pike和Octavie要两人阻挡爬上来的人，而这时，Octavie砍伤了Pike，而Bellamy及时赶到，阻止了这一切，也保下了Pike的命。
Clark还在光之城里寻找着，但在现实之中，夜之血脉已经不够用了，Clark体内的火种开始排斥，而阿莉正在查找她。而阿莉正在利用她来更新至阿莉二代，而一旦成功，就会删除自杀代码，到时候就不能阻止阿莉了。正当Clark被围攻时，Lexa从意识中赶出救助了Clark，而在现实中，Abby正在努力的给Clark供血，Clark总算是稳定了下来。而她们只有10分钟来找到自杀指令。
现实中，Bellamy一行人正在努力的阻止他上来的人找到Clark。Clark在光之城中遇到了Jasber和Jaha阻止他们，而Reven在外部帮助她们，创建了通道，来到了控制中心，而Clark只要按下按钮就可以抹掉阿莉，但阿莉却告诉她，地球在六个月之后将不适合人类，只有光之城能拯救人类。而这只是为了拖延时间。但Clark却陷在了这些说辞里，迟迟不敢动手灭掉阿莉，在最后一秒，Clark拉掉了阿莉的程序，所有人恢复了不被控制的状态。而Clark也回到了现实当中。所有人都不敢相信这一切，如大梦初醒，不知道应该高兴还是悲伤。
而这些并没与结束，因为人类还面临着在六个月之后的生死危机。Octavie杀死了Pike，报了当初Lincoln的仇。
