第1集剧情介绍：受降式车站激战 青铜馆档案失窃
历经八年浴血奋战，中华民族终于取得抗战胜利。1945年九月九日，中国政府在南京正式接受日本投降。此时的南京吸引了全世界的目光。为了确保受降仪式万无一失，警察署长霍然亲自视察安保现场，他发现警察厅长莫采石竟然没到现场，很是生气。
日军为了保住最后的尊严，准备在我举国庆祝胜利的时候，把他们进行细菌实验的五九档案秘密运出南京。得知消息的蒋介石为了增加与美国政府谈判的筹码，换取更多的武器，竟然不准备把五九档案这一罪证交到国际法庭，而是密令嫡系心腹——警察厅厅长莫采石不惜一切代价夺回五九档案，暂时封存于中央博物院。士为知己者死，誓死效忠总统的莫采石安排手下在火车站附近设伏，他自己也不顾受降式上的安保任务匆匆赶往下关车站。
这时，刚从国外游学回来的刑侦专家程慈航站在街头，听到报童不停高喊日本投降的消息，心潮起伏，感慨万千。他想到被日本人残忍杀害的小玉，想到小玉牺牲前交给自己的的资料——日军511生化武器研究资料，想到小玉临终让自己把这些资料公之于众。程慈航眼中充满仇恨，他要找到杀害小玉的中田报仇，他敏锐地发现街头有很多形迹可疑的人。程慈航准备坐黄包车离开，意外发现日本人小野拎着一个大箱子，和一干手下行色匆匆赶往火车站。与此同时，女警员欧阳倩也发现了小野。欧阳倩一个手势，四周化装成各色人等的警员立即包抄上来。小野发现计划败露，急忙逃离现场，欧阳倩持枪追赶。狡猾的小野逃到一处废旧的仓库，先他一步来到的程慈航询问中田的下落，小野以为程慈航也为箱子而来，命令手下群起而攻之。几个回合下来，程慈航就把他们打得落花流水。小野见势不妙，冲程慈航连开数枪，均被程慈航躲过，小野扔下箱子落荒而逃。追踪至此的欧阳倩看到程慈航，误以为他是日本特务，让他到警局说明情况。不料，程慈航空手把枪夺下，二人展开激烈的搏斗。欧阳倩毕竟力量单薄，最终被程慈航攥住双手揽在怀中。这时，欧阳倩的同事关天平尾随而至，他用枪逼住程慈航，和欧阳倩合力把程慈航抓住。程慈航被抓之后盯着欧阳倩套起近乎，他说和欧阳倩似曾相识，还说自己是莫采石厅长的亲戚。
程慈航和小野一干人等混战时，警察刘阿长趁机把箱子里的东西取出交给了莫采石。莫采石急忙把这份资料送往中央博物院，临行前，他让侍从室人员把俘获的敌特全部杀之灭口。欧阳倩以程慈航是唯一和伤者接触的人为由，要求留下程慈航，接受密令的刘阿长坚决拒绝。为找到程慈航，以便继续追查箱子的下落，欧阳倩和关天平驱车到山上搜索。踏破铁鞋无觅处，得来全不费工夫，欧阳倩竟然在半路抓到刚刚逃出来的程慈航，随即，程慈航被关到监狱。狱霸三爷的手下对程慈航不断挑衅，程慈航根本不屑一顾，几个囚犯认为程慈航好欺侮，伸手就打。他们哪是程慈航的对手，几个回合下来就吓得不敢动弹。其中一个谎称自己几天没吃饭，否则不会让程慈航沾便宜，程慈航根据他的特征推断出他刚刚喝了羊杂汤，还说此人欠钱被别人追赶。这个犯人连说自己是被别人冤枉，替代车夫成了杀人犯。程慈航认为此案大有疑点，车夫也不会为一块怀表杀人。程慈航接受欧阳倩审讯时，以受到冤枉车夫为例，质疑警察侦破案件不注意推理和证据之间的关系。
受降仪式现场，战犯冈村宁次代表日本政府在投降书上签字。霍然终于松了口气，这时，他得知火车站发生激烈枪战，就怒气冲冲地到警察厅找莫采石兴师问罪。匆匆赶回来的莫采石看来者不善，故意把总统赐的中正剑摆在桌子上。霍然不顾莫采石天子门生、黄埔嫡系的身份，对他厉声斥责。莫采石只好把自己接受的密令和盘托出，看到莫采石如此得到总统信任，霍然的口气缓和了许多。
任务没有完成，五九档案不见踪影，中田不惜重金找到此份档案。不料，有人捷足先登，花费重金让隐姓埋名的江洋大盗许老二到中央博物院盗取这份绝密资料。五九档案被盗，高层震惊。刑侦处长严达庆命令所有警员全部到岗，现场勘查，关天平和欧阳倩认为是飞贼作案，严达庆认为是内鬼作案。面对如此重大的案情，霍然为了保护自己的得意弟子严达庆，让莫采石请程慈航回南京帮忙破案。
第2集剧情介绍：破案件慈航获自由 知败露飞贼逃无踪
莫采石不同意警察署长霍然的提议，严达庆也跟着随声附和，莫采石命令严达庆全权负责此案。原来，警察署长霍然和警察厅长莫采石一直暗中较力，他们都在尽最大力量保护自己的力量，只有一心想出风头的严达庆不明就里。
关天平怀疑昨天抓住的人可能是程慈航，欧阳倩准备试探此人一番。果然，程慈航看到车夫杀人案件卷宗之后，对刘阿长搜集的证物很是不屑，他要求到案发现场仔细勘察。欧阳倩看程慈航没有借机溜走的意图，就带领程慈航到了案发现场。正在勘察，死者的哥哥匆匆跑了进来，程慈航根据这个人的外貌、衣着和神态，立即判断此人就是凶手，并还原案发现场。确凿而充分的证物、严谨而精彩的推理让大家心悦诚服。一桩冤案彻底侦破，欧阳倩再次询问程慈航和莫采石之间的关系，程慈航用箱子里的证件澄清自己的身份。然后，径直向莫采石家走去，在等待门卫通报的时间，程慈航从镜子里的倒影发现一直跟踪自己的欧阳倩，同时，发现还有人一直跟着欧阳倩。欧阳倩没想到，这位聪明睿智、武功高强的程慈航竟然真是莫采石的亲戚。
五九档案被盗，各方势力对此都虎视眈眈，中田代表的日军和欧阳倩代表的神秘组织仅仅是其中的两方而已。程慈航在博物馆附近仔细勘察，希望能够有所发现，一些证物闯进了程慈航的眼帘。这时，小野派出的手下突然手持匕首向程慈航猛刺过来。程慈航抓住一人交给赶来支援的欧阳倩，自己则追赶趁机逃跑的那个人，无路可逃的日本特务吞毒自尽。程慈航匆匆回到原地，看到另一个也被刺死，欧阳倩谎称此人拒捕被杀，程慈航发现一个匆匆离开的身影。还没有来得及多问，就有警察循声而至，欧阳倩赶紧让程慈航离开。
一切安排停当，欧阳倩追上程慈航询问他到底发现了什么。程慈航告诉她，证据显示，作案的应该是一胖一瘦两个人，他们可能在铁矿上工作。二人准备到北矿区调查一下。
先入为主的严达庆认为是内鬼作案，他把博物院所有员工集中起来进行调查，却劳而无功。同时，不太自信的他还让刘阿长排查南京所有飞贼的情况。案情通报会上，刘阿长宣布调查的结果，此案为绰号“夜蝙蝠”的天下第一飞贼许老二所为，此人一直隐姓埋名住在北矿区。严达庆立即集合警察直奔北矿区而来。
看到蜂拥而至的警察，许老二师徒意识到大事不妙，仓皇逃窜。途中，许老二徒弟脚下一个趔趄，倒在地上。严达庆领着警察迅速赶到，层层包围住此人，此人困兽犹斗，一把拉过一位站在路边的小姐当做人质。被劫持的竟然是霍然的女儿、严达庆的未婚妻霍蜜儿，看到心上人在歹徒手中，又气又怒的严达庆束手无策，在他犹豫不决之际，正巧赶到的程慈航以迅雷不及掩耳之势冲到歹徒身旁，三下五除二制服歹徒，成功救出霍蜜儿。英雄救美，霍蜜儿对着程慈航花痴般地问东问西。看到霍蜜儿如此表现，严达庆醋意大发。
美国政府对五九档案觊觎已久，派顾问团特别助理哈金斯上校到莫采石处拜访。莫采石得知哈金斯的真实目的，准备闭门不见，暂避其锋芒。
程慈航返回自己逃跑的地方，找到小玉用生命换来的部分五九档案。他想到了小玉对自己的嘱托：把五九档案公之于众，让全世界惩罚那些用中国人做实验品的日本人。
第3集剧情介绍：程慈航关注失窃案 总长厅长大斗法
解救霍蜜儿之后，程慈航回到叔叔莫采石家中。莫采石发现程慈航手上有伤，忙关切地询问。程慈航谎称自己是在解救一位被流氓欺侮的姑娘意外受伤，借此掩饰偷偷调查案件这一事实。莫采石发现程慈航兜里装着中央博物院的地图，生气地指责程慈航我行我素、不听劝解，依然参与案件调查。程慈航认为五九档案涉及到杀害小玉的凶手，央求莫采石允许自己参与调查。莫采石在程慈航的父母去世之后，已经把程慈航当做儿子来看，他让让程慈航好好保护自己。
霍总长亲自到警察厅找到莫采石，想让他同意让程慈航参与侦破案件，再次遭到莫采石的拒绝。霍然认为莫采石三番五次地拒绝程慈航参与破案，是为了让自己师徒二人出洋相，他决定利用新闻媒体的力量迫使莫采石就范。
报纸上大肆报道从美国回来的程慈航是名通天神探，并且只听从莫采石的差遣。莫采石勃然大怒，勒令严达庆调查这几个记者。这时，霍然假装怒气冲冲走了进来，厉声指责一直横加阻挠的莫采石，并任命程慈航为警察署独立大侦探。急于立功的严达庆不明就里，他急切地告诉莫采石，自己已经布下天罗地网，不能让程慈航抢功。莫采石安慰严达庆，此案仍有他全权负责，同时告诉严达庆，青铜馆肖主任第二天就回来。
深夜，莫采石接到电话，得知肖主任在凤台路遇害。程慈航在一边听到这个消息，连忙悄悄离开莫家。
案发现场，严达庆邀功似地告诉莫采石，肖主任可能是被同党杀人灭口。莫采石知道是自己让肖主任到外地休假，他告诉严达庆，肖主任是政府相信的专家，他安全运送过很多价值连城的文物，不可能是内鬼。莫采石离开现场前，让严达庆认真勘查。
莫采石离开不久，程慈航也赶到案发现场，恰好被严达庆看到。严达庆马上想到追捕许老二时此人的表现，当时此人说自己叫梅关西，现在却说是莫厅长的侄子程慈航，他认为此人有重大嫌疑，立即把他抓起来。
严达庆连夜审讯程慈航，程慈航对他冷嘲热讽，严达庆拿起烙铁向程慈航走来。程慈航为求自保，谎称自己偷了五九档案，但是只告诉可以保证自己性命的莫采石。莫采石正为找不到程慈航心急如焚，当他跟着严达庆到了审讯室，发现严达庆所谓的窃贼正是程慈航，让人立即把他放了。看到严达庆如此糊涂，莫采石气得要按军令状惩罚严达庆。严达庆慌忙告诉霍然这一严峻形势，霍然为了保住严达庆，决定马上任命程慈航为独立大侦探。吃了闭门羹的哈金斯邀请霍署长一起来到警察厅，用强硬的外交辞令催促莫采石抓紧时间破案。严达庆想早日当上独立大侦探，不顾霍然的阻止，连忙立下军令状，保证五天破案。正中下怀的莫采石赶忙答应，霍然也无可奈何。
莫采石回到办公室，发现哈金斯不请自来。莫采石把哈金斯的来历清清楚楚地介绍一遍，哈金斯这才知道莫采石就是自己同学程慈航的叔叔。哈金斯走后，莫采石让程慈航远离五九档案。这时，霍然任命程慈航为独立大侦探的命令到了。程慈航终于等到参与侦破案件的机会，但是不同意出任大侦探一职。莫采石看到此种情景，气得把聘书狠狠地摔在地上。得知程慈航不愿出任大侦探，霍然准备专门举行聘任酒会逼迫程慈航就职。
眼看程慈航风头正胜，加上背景靠山不输于自己，严达庆赶紧到现场搜集证据，他发现了一缕马鬃，忙下命令调查周围马场。欧阳倩给莫采石送调查报告，遇到哈金斯的表白。这时，霍然专程给莫采石送来酒会的请柬，不愿让程慈航参与其中的莫采石谎称自己公务缠身，霍然让欧阳倩到莫家把请柬送给程慈航。欧阳倩看到程慈航桌子上摆放着施玉的照片，真的和自己很像。二人谈起了各自的身世，一时充满了对日本侵略者的痛恨。
酒会上，霍蜜儿感到索然无趣，她向陪伴在身边的严达庆抱怨说今天的主角程慈航也是草包一个。这时，她看到自己的救命恩人梅关西，连忙邀请他出去吃饭，还说不愿给程慈航捧场。直到欧阳倩提醒她，梅关西就是程慈航，霍蜜儿才为程慈航的幽默莞尔一笑，她痴痴地盯着程慈航。霍然向大家隆重介绍程慈航，并当场发放聘书。程慈航风度翩翩、谦谦有礼地推辞大侦探聘书，表示只愿做布衣侦探参与破案。这时，一直不愿程慈航大出风头的莫采石赶忙上台，又把严达庆推上前台。
中田准备趁莫采石和程慈航都不在家，莫家防守松懈时把溜进去寻找档案。
第4集剧情介绍：小野夜探莫府 达庆破案碰壁
中田等人得知莫采石和程慈航都去参加酒会，他们趁着夜色摸进莫采石家里，四处乱翻东西时不小心弄出很大的声响，莫太太误以为程慈航回家，连忙出门查看，被中田等人刺翻在地。
程慈航得知家中出事的消息匆匆赶回家里，他发现莫太太没有大碍之后，忙到现场勘查。程慈航根据现场情况推断，此事应该是中田等人所为，他隐隐感觉到中田背后站着的死神，立即莫名紧张起来，他要和中田等人抢时间。
家里发生这样的事情，莫采石感到很没面子，他让马副官封锁消息，加强安保并彻底调查事情真相。马副官立即把欧阳倩和刘猛等精干力量派到莫厅长家。接受任务的欧阳倩发现能文能武的程慈航竟然不会熬中药，连忙交给程慈航熬药的方法。程慈航专注地看着欧阳倩忙碌的身影，入神地想起小玉的样子，他对欧阳倩提出的问题答非所问。为了打破尴尬的气氛，欧阳倩连忙和程慈航聊起了案子，程慈航让欧阳倩帮助自己从肖主任被杀案入手，调查五九档案丢失的真相。
欧阳倩领着程慈航到了案发现场，刘阿常认为程慈航和严达庆不对付，赶忙通知严达庆。正当程慈航准备到二楼勘察时，严达庆带人把程慈航赶出现场。身为首席独立大侦探，不仅不能参与案件调查，还被严达庆持枪威胁，程慈航忍无可忍，一把夺下严达庆的手枪。严达庆不甘心就此罢手，接到手枪后毫无君子风范冲着程慈航和欧阳倩扣动扳机，谁知弹匣早被程慈航卸下。
莫采石得知严达庆状告程慈航妨碍公务，感到很是为难，因为程慈航的父亲曾经救过莫采石的性命，莫采石早已把程慈航当做自己的儿子。莫采石告诉程慈航为了自身安全一定要放弃对案件的调查。程慈航坚持要侦破此案，因为五九档案除了涉及个人恩怨外，还涉及民族尊严。莫采石看到程慈航决心如此之大，勉强同意程慈航以布衣侦探的身份参与破案，但是要遵循“刚者易折，柔者长存”的处事原则，在暗流涌动的警察厅小心从事，保护好自己。
严达庆得知附近只有汤山别墅17号养着一匹汗血宝马，它的马毛和现场遗落的一致。为了破案不惜一切的严达庆马上带人到汤山别墅进行抓捕。莫采石知道此别墅住着的是陆军上将胡宗南的亲舅舅，此人脾气火爆，莫采石为严达庆感到担心。果然，莫采石话音未落，严达庆就满脸是伤地回来了。
碰了钉子的严达庆只好找到程慈航，让他帮忙破案，并把赵军安插在程慈航身边。
程慈航分析认为，此马鬃是做小提琴的用料，他让欧阳倩帮忙查找南京城所有的西洋乐器行。接受任务的欧阳倩赶忙回到大院，让师妹李丽兰立即进行查找。拿到资料，程慈航决定从紫金乐器行查起。程慈航和欧阳倩在紫金乐器行的制造车间仔细搜查，突然，一块巨大的木板冲着他们砸了下来。程慈航赶忙用手挡开木板，把欧阳倩揽在怀里，这时，他发现一个黑影一闪而过。就在程慈航准备追赶时，外面响起了枪声，程慈航从枪声里判断出来者是严达庆。果真如此，原来严达庆接到刘阿常密告，害怕程慈航抢功，赶忙匆匆来到现场。警察四处搜查发现一个包裹，里面装满了金银珠宝，这些应该是凶手从肖主任顺手捎过来的。程慈航以严谨的推理，告诉大家直接到这家乐器行的原因，让警员们佩服不已，连严达庆都颔首称是。调查乐器行厂长得知，此包裹的主人是工人李大壮，程慈航推断这根马鬃应该是他在作案时系扣子所用。
严达庆等人匆匆赶到李大壮家，发现李大壮已经因为吸食鸦片过量身亡，严达庆认为可以结案。程慈航仔细查看时发现，李大壮颈部有个很小的出血点，他怀疑警察局有内鬼。
霍然也认为肖主任被杀案成功告破，他对严达庆和程慈航通令嘉奖。程慈航认为此案尚存疑点，他告诉莫采石不能仓促结案，要求给自己三天时间查清真相。
程慈航对五九档案的执着，让莫采石隐隐担忧，他不知道程慈航在这个诡异莫测的复杂危局中会闯下什么滔天大祸。
第5集剧情介绍：慈航破案寻真凶
听到莫采石不愿结案，霍然恼羞成怒，立即让严达庆把自己口述的结案报告写下来。
程慈航怎么也想不到，莫叔叔答应自己的条件会改变这么快，他生气地质问莫采石。莫采石苦口婆心地劝他放弃调查。
程慈航的态度让严达庆等人很是不爽，严达庆诬陷程慈航纯粹是为一己私欲，想独揽奇功。程慈航直言严达庆才能平庸，连五九档案的边都碰不到。严达庆恼羞成怒，要和程慈航较量一番。这时，听闻程慈航受伤的霍蜜儿匆匆跑进来，要拉程慈航到医院治疗。严达庆酸酸地用激程慈航应战。
郊外树林，严达庆和程慈航怒目相对。刘阿长见事不对，急忙跑回警局。只见二人拳来脚往，手臂受伤的程慈航被取胜心切的严达庆踢翻在地，只见他立即腾身而起，躲开严达庆的猛烈攻击，瞅准时机把严达庆击倒在地。一旁的霍蜜儿拍手叫好，不料，颜面尽失的严达庆拔出身旁警察的手枪指着程慈航。危机时刻，刘阿长领着莫厅长赶到，莫采石鸣枪示警，让人把严达庆的枪给下了，已经上膛的手枪立即响了。莫采石想想都很后怕，持枪抵着严达庆的额头，狠狠把严达庆教训了一番。
霍然师徒实在捉摸不透莫采石忽而阻止忽而支持程慈航破案的用意。严达庆认为极有可能是莫采石的欲擒故纵之计，暗中帮助程慈航铺路，这番分析让霍然仿佛看到了莫采石的险恶用心，他恼羞成怒地让严达庆干扰程慈航办案，并怂恿严达庆好好在蜜儿面前好好表现。
其实，莫采石也非常关心五九档案的下落，以至于寝食难安，只是此案涉及的背景深不可测，他害怕程慈航卷入到这个危险的漩涡中。面对程慈航的坚决态度，莫采石最后同意程慈航参与侦破。程慈航告诉莫采石，五九档案失窃案和警局的内鬼有关，莫采石慌忙询问程慈航有无充分证据，听到程慈航只是凭直觉推断，莫采石长长地出了口气，让程慈航随时把案件进展告诉自己。莫采石让程慈航和关系较为亲密的欧阳倩好好相处。程慈航虽然刚刚进入警察厅不久，但是明显感觉到身边一直有双眼睛在偷窥，有双耳朵在偷听。他赶忙问莫采石让自己一直感觉到不舒服的刘阿长的经历，得知此人是日伪时期的旧警察，平时做事瞻前顾后，小心翼翼。
程慈航率人再次勘察现场，他确认为凶手应该是顺着下水管爬上二楼。到了二楼，程慈航推断凶手应该住在对面一户人家。果真如此，这家曾住过一个长得精瘦的年轻房客，此人常去帮会众多的西流湾。据此，程慈航向大家还原此人和李大壮作案的经过，精彩的推理让欧阳倩颔首称是。他们推断李大壮的雇主一定是五九档案的知情者。
程慈航大张旗鼓地去李大壮的案发现场，目的在于让人误以为警方已经掌握了线索。看到围观的人数众多，程慈航发现左手边二楼有个人非常可疑，欧阳倩马上带人追捕。晚了一步的欧阳倩只探听到此人叫皮三，经常出入西流湾的Du场。程慈航马上画出皮三的特征，让人到西流湾Du场调查。
西流湾Du场，程慈航假装和欧阳倩是一对恋人，亲密地揽着欧阳倩的肩膀。突然发现向老板借钱的皮三，他们准备前去询问，不料遭到一个混混的扰乱。皮三趁乱逃出，慌忙中撞倒了和严达庆一起出来的霍蜜儿。程慈航一路追赶，飞脚把皮三踢翻在地。霍蜜儿看到程慈航的矫健身手，高兴地忘记了疼痛。严达庆让人把皮三带到警局亲自审讯，接着劝霍蜜儿别理会一心抢功的程慈航。严达庆的一通表白却遭到霍蜜儿一通抢白，还得陪着笑脸。
面对审讯，皮三一副无辜的表情，看到皮三生活窘迫的情景，程慈航拿出一百元钞票，谎称是在案发现场的井台边捡到的，见钱眼开的皮三忙称正是自己丢失的。一下子撬开了皮三的嘴巴，了解到是一个叫刘勇的混混让他帮忙把李大壮的尸体抬走。刚刚有了结果，严达庆就进来捣乱。
第6集剧情介绍：刘勇被击毙 线索又中断
欧阳倩让关天平拿出莫采石让程慈航亲审皮三的指令，严达庆才怒气冲冲地离开。继续审问皮三得知，原来刘勇就是在Du场调戏欧阳倩，被程慈航教训了一顿的那个痞子。这时，莫采石进来探听消息，程慈航谎称只是一些皮毛，没发现其他线索。
警局内部暗流涌动，各方势力勾心斗角。刘阿长向严达庆密报程慈航的动向，严达庆找到师傅霍然，抱怨莫采石一直暗中帮助程慈航帮助。霍然为自己把程慈航任命为独立大侦探后悔不已，他让严达庆放出一些假消息，干扰程慈航办案，然后摸清程慈航的思路，再顺着程慈航的思路侦查案件。得了主意的严达庆立即调集所有警力搜查刘勇，这时，欧阳倩遵照程慈航的安排把刘勇的画像送了过来，便于刑侦队四处搜查刘勇。
这边，程慈航认为瘾君子刘勇有可能待在烟馆里吸食鸦片。欧阳倩找到师妹李丽兰，让她帮助自己查查刘勇的下落，不久就找到了刘勇的落脚之地。程慈航等人立即赶到济昌茶馆四周埋伏下来。这时，程慈航发现刘勇马上要进入茶馆，他们准备等刘勇进去再瓮中捉鳖。不料，刚刚得到消息就从车站匆匆赶到的严达庆立功心切。鸣枪示警，刘勇匆匆逃到附近的宴福酒楼。程慈航搜查发现，有位女士神色极不自然。程慈航马上要求顾客撤离出来，空荡荡的大厅里只剩那位神色不安的女士，原来他被刘勇用枪顶住腰部。眼看刘勇就要被围上来的警察抓住，刘阿常假装害怕碰落了桌子上的酒壶，受惊的刘勇立即劫持人质站了起来。严达庆根本不顾及人质死活，一直恐吓刘勇。程慈航见此，急忙和欧阳倩分别从两边包抄过去。眼见程慈航将要活捉刘勇，严达庆唯恐程慈航抢了头功，忙让手下强攻。刘勇负隅顽抗，开枪射击。刘阿常见势不妙，一枪击中刘勇，刘勇应声倒地。眼见功亏一篑，再看严达庆不把弟兄们当回事，程慈航斥责严达庆。严达庆用枪指着程慈航，被程慈航一把扭过他的手臂让他向大家赔罪，刚刚赶到的马副官见势不妙急忙拉开二人。
严达庆感到颜面尽失，大发雷霆。这时，自称是三朝耗子的刘阿常小心翼翼地走了进来，严达庆对于这个给自己通风报信的旧警察渐生好感，让他继续盯着程慈航。
程慈航的所作所为让莫采石隐隐感到担忧。莫采石劝告程慈航不要因为和严达庆的矛盾让自己这个堂堂的厅长为难。听到这里，程慈航决定找霍总长澄清事实。同时，程慈航根据白天的事情，推测警察厅有人想故意制造混乱，此人可能是刘阿常。莫采石不同意程慈航把这事告诉霍然。
刘勇死后，五九档案的线索好像一下子就消失了，一直觊觎五九档案的各方势力为此均不惜一切代价。程慈航和欧阳倩讨论关于五九档案的有关问题，他认为各方势力都会把许老二当做目标。
欧阳倩陪着程慈航一起走回莫家，突然听到院子里传来怪异的声音，程慈航发现有人偷偷地在窗户上贴着胶带，连忙喝止，黑衣人持刀行凶，被程慈航几个回合就夺了过来。这时，在外面隐蔽的欧阳倩担心程慈航的安危，巡视四周后发现无人，赶忙过来帮忙。谁料越帮越忙，突然出来几个黑衣人，欧阳倩冲过去保护程慈航，自己被黑衣人刺伤。破案中的生死相依，让他们擦除了爱情的火花。
外面不太平，莫家也不消停，莫采石很是不解。马副官猜测应该是有人冲程慈航寻仇，马副官欲言又止，暗示莫采石让程慈航搬出去住。这时，程慈航回到家中，莫采石劝他为了这份档案丢掉生命，不值过！程慈航告诉莫叔叔，凡是有良知的中国人都会用五九档案揭露日本人的罪恶。这个年轻人的话让莫采石沉思良久。
程慈航把欧阳倩等人找过来寻求新的线索，表情不太自然的欧阳倩让刘阿常看出她和程慈航之间非同寻常的关系。刘阿常连忙借口肚子疼躲了出去。
第7集剧情介绍：夜蝙蝠遭遇枪杀 程慈航发现疑点
欧阳倩四顾无人，偷偷溜进莫采石办公室，找到有关中央博物院五九档案失窃案的文件，欧阳倩发现许老二还有一个叫断指的徒弟。连忙告诉程慈航，程慈航决定先从和许老二关系密切的饭店孟老板入手调查。
躲到山里的许老二看到报纸上说中央博物院同时丢失两个铁匣子，他怀疑另外一只铁匣子被经孟老板介绍姓朱的人偷走了，决定马上回南京找姓朱的算账。
刘阿常听程慈航说要找孟老板了解情况，他马上意识到到形式不妙，给程慈航指明道路后，借口口渴先行离开。小巷内地形复杂，七拐八拐让程慈航晕头转向。赵军赶紧向路人打听路径，程慈航感到这两人似曾相识，走了几步，他想起这两个人就是从矿区逃跑的许老二师徒，几人急忙折回追赶。
这边，匆匆开溜的许老二师徒遇到孟老板，他们赶忙询问姓朱的真实身份，正在孟老板吞吞吐吐想交代时，只听一声枪响，孟老板应声倒地。等程慈航赶到，地上只留有孟老板的尸体，许老二师徒已经无影无踪，这时，刘阿常才匆匆跑过来。闻声而来的严达庆要把证人带走，程慈航的辩解恰好让严达庆找到办案的新方向。大家对抢功心切的严达庆议论纷纷，满腹心事的刘阿常心神不定，失魂落魄。
果然，一个神秘人物找到了刘阿常，刘阿常为刚刚发生的事情后怕不已，原来，借口找水喝的他发现许老二师徒找到孟老板，连忙把孟老板击毙。神秘人让刘阿长把隐患全部清理干净，他准备替刘阿常把许老二约出来，让刘阿常解决后患。
为了赴约，更为了和所谓姓朱的算账，许老二弄到一把手枪，心里有了胆气。茂密的竹林，寂静无人，刘阿常和许老二面对面站立。话不投机，刘阿常一枪击毙飞贼许老二。看到师傅被杀，藏在一边的断指吓得滑倒在地上，刘阿常听到动静，逼出断指，正准备开枪，一个黑衣人突然冲过来，刘阿常连开数枪击毙黑衣人，断指趁机逃脱。杀人之后，刘阿常气喘吁吁地匆匆跑回警察厅。正好程慈航和马副官都来找他，刘阿常谎称自己拉肚子看中医去了。程慈航看到刘阿常闪闪烁烁的目光，意识到刘阿常在撒谎，可他实在不敢相信地位低下的刘阿常会和五九档案扯上关系。
许老二被杀，严达庆勘察认为中央博物院失窃案的元凶全部死于江湖火拼，此案可以结案。程慈航到现场勘查认为，黑衣人不是断指，应该是日本特务。他还发现击中许老二两人的是高级警员所用的撸马牌手枪，更坚信警察厅有内鬼。程慈航回到警察厅就请求莫采石全面排查警员用枪问题，想查出到底谁是内鬼。已经认为可以结案的霍然师徒，对莫采石和程慈航的做法冷嘲热讽，莫采石只好先让马副官把枪交过来。结果证明刑侦处所有警员均没有问题，严达庆又对程慈航抱怨一通，程慈航这才解开黑衣人不是断指而是日本特工的事实。程慈航要求封锁许老二被杀的事实，自己冒充许老二的名义在江湖行动。
又出纰漏，神秘人厉声斥责刘阿常。另一边，中田也在狠狠训斥办事不力的小野。
霍蜜儿对程慈航的挂念让严达庆醋意大发，忙对霍蜜儿说程慈航已经和欧阳倩好上了。
第8集剧情介绍：中田绑架欧阳倩 慈航智救心上人
许老二已死，断指消失得无影无踪。欧阳倩陪着程慈航在公园散心，程慈航买来一束玫瑰花送给欧阳倩。这一幕全被一直跟踪程慈航的日本特务看到眼里，中田决定绑架欧阳倩胁迫程慈航就范，借以夺回五九档案。
警察厅里，程慈航为找不到欧阳倩着急万分，这时，一位警员给程慈航送来封信。程慈航看到欧阳倩被绑着的照片，立即意识到中田打五九档案的主意。程慈航隐隐看到中田背后的死神，他必须想到两全其美的办法。
程慈航赶到信中约定的地点，急着要把欧阳倩换出来。小野按照中田的要求，让手下蒙住程慈航的眼睛，把他推到车上。一路上，程慈航认真地听着路边的声音，判断汽车走过的路径，最后汽车停到一处教堂边的别墅里。解开蒙住眼睛的黑布，程慈航看到了杀害小玉的中田那狰狞的面目。中田命人从程慈航兜里掏出小玉留下的部分五九档案，指责程慈航不愿和自己通力合作，让手下用枪顶住程慈航和欧阳倩的脑袋。程慈航早就看出中田在没有找齐五九档案前不会杀害自己。看到恐吓无效，中田让程慈航在两个小时内帮助自己找到另外一份档案，否则欧阳倩性命难保。
形势危急，程慈航被送出之后，凭着自己超强的记忆力，匆匆赶往中田的藏身之所，突破层层防线，杀死好多特务，终于赶在最后关头成功救出欧阳倩，并通过喷水成功找到自己精心处理过的那份档案。二人紧紧抱在一起从楼顶滑下，成功脱险。煮熟的鸭子又飞了，中田恼羞成怒，慌忙让手下撤离，让小野安排潜伏的宫本主动出击寻找五九档案。
哈金斯眼看线索一条条中断，他准备另找高明寻找五九档案。经人介绍，哈金斯找到江湖绝顶高手洪先生，让他帮忙探听高过许老二的偷盗高手。洪先生告诉哈金斯，高于许老二的偷盗高手的只有锦线一家，不过他们神龙见首不见尾。见洪先生不愿答应，哈金斯慌忙加大筹码，并谎称因为喜欢中国武术，准备把这些写到书中，向全世界宣传中国武术，洪先生才勉强答应。
回到警官宿舍，程慈航精心煲汤给受惊的欧阳倩压惊，借此向欧阳倩表白爱意。欧阳倩把自己家传的怀表交给了程慈航作为定情物，程慈航答应程慈航只要完成对五九档案的调查，立即和欧阳倩远走高飞。
小兰听到师姐欧阳倩受伤，赶忙来到警官宿舍看望欧阳倩。原来，她们都是神秘组织锦线的人，小兰现在正密切监视哈金斯，希望能够发现五九档案的线索。
哈金斯约请程慈航商谈五九档案的问题，程慈航发现有很多高手监视哈金斯，其中有一个是盗窃高手。听到程慈航精彩的分析，哈金斯更坚定了和他合作的意向，程慈航以道不同不相为谋为由拒绝了哈金斯的要求。
第9集剧情介绍：假掌门会见哈金斯
这里面有形象猥琐的渣男，也有貌美如花的锦线高手李丽兰。李丽兰返回房间时发现有人跟踪自己，她将计就计，假装睡觉。一直在外等待的渣男认为终于等到机会，色胆包天的他急不可耐，立即闯进李丽兰房间，掀开被褥欲行不轨之事。被李丽兰三拳两脚击倒在地，捆成粽子状扔在床上。已无后顾之忧的李丽兰赶忙潜入哈金斯房间搜索，结果一无所获。
大厅里的程慈航发现李丽兰拎着箱子匆匆离开国际饭店，急忙让警员赵军跟着李丽兰。机警的李丽兰发现身后的“尾巴”，向大门口的车夫谎称自己遇到流氓，让车夫替自己抵挡一阵。赵军和车夫撕扯一通之后，李丽兰已经不知所踪。哈金斯看到此女年轻漂亮而又武功高强，怀疑她是锦线高手。
程慈航感觉哈金斯说得很有道理，他让老南京刘阿常给自己详细介绍锦线这个神秘的组织。刘阿常以欧阳倩为例说锦线成员大多年轻漂亮而又能够飞檐走壁、刀枪不入，这让站在一边的欧阳倩有点紧张。面对程慈航的询问，欧阳倩更加紧张。刘阿常开玩笑地说欧阳倩也许就是锦线高手，欧阳倩赶忙澄清自己从未和这些江湖中人有过来往。程慈航发现锦线的线索，这让欧阳倩隐隐感到担忧，她害怕程慈航会给锦线带来毁灭性的灾难，更害怕自己和程慈航之间没有好的结果。原来，欧阳倩真是锦线在警察厅的卧底。
为了锦线的安全，欧阳倩找到李丽兰，警告她注意按计划行事，千万不可因鲁莽坏了大事。李丽兰固执地坚持按照自己的方式找到五九档案。洪先生受哈金斯之托，告诉锦线的人，哈金斯要约见锦线掌门人马太太。得知这一消息的李丽兰决定冒充马太太会见哈金斯，李丽兰傻里傻气的师弟刘振亮想探听真相，李丽兰气得踹他几脚。
程慈航仔细梳理最近发生的案件发现，这些案件都和江湖人士有关系，他怀疑哈金斯已经和锦线取得了联系。程慈航赶到国际饭店探听消息时，恰好看到有个和哈金斯见面的人刚刚离开。程慈航想套出哈金斯和锦线之间的联系，口风极紧的哈金斯不愿透露一点情况。
国际饭店，哈金斯和锦线马太太首次会面，吸引了各方人士：敏感的程慈航拉着欧阳倩进来了，一直充愣装傻的刘振亮也匆匆赶来。包间里，假装马太太的李丽兰虚张声势，把哈金斯唬得一愣一愣的，对假马太太毕恭毕敬。探得消息的刘振亮让服务生把哈金斯喊出来，告诉哈金斯上当受骗。与此同时，程慈航要和欧阳倩一起到三号包间等候马太太，欧阳倩以上卫生间为由借机给李丽兰通风报信。
再次见面，得知真相的哈金斯急着揭开李丽兰的真实身份，他指责李丽兰冒充马太太根本没有信义可言。李丽兰看到事情败露，她告诉哈金斯要想合作，必须解释到底是谁告的密。哈金斯说那人姓齐，下午就以马太太的代表身份找过自己。程慈航和欧阳倩在大厅等待时，发现那个和哈金斯见面的人匆匆离开。他告诉欧阳倩下午发生的事情，欧阳倩发现此人就是锦线内部的刘振亮，很是震惊。
心事重重的欧阳倩在程慈航的护送下回到宿舍，发现师妹李丽兰就在自己房间。李丽兰告诉欧阳倩这次冒险也不是一无所获，最起码知道锦线内部出了叛徒。欧阳倩联系程慈航所说，怀疑刘振亮就是那个假装马太太代表叛徒，姐妹二人决定试探一下刘振亮。欧阳倩假装行色匆匆地来到大院，进入房间，谎称当日下午会在西区的Du场进行交易，故意让刘振亮听到。果不出所料，信以为真的刘振亮听到后，匆匆离开后到街上算了一卦，借机让人约出中田。一路跟踪的欧阳倩和李丽兰把一切都看在眼里，她们准备等刘振亮回到大院再除掉这个叛徒。
刘振亮回到大院，发现情况不对，假装糊涂，眼看真相被被层层揭开，刘振亮赶忙逃跑。欧阳倩飞身挡住刘振亮去路，刘振亮和欧阳倩打斗在一起。几个回合下来，刘振亮被欧阳倩打翻在地，众弟子把刘振亮绑了起来。
第10集剧情介绍：程慈航陷入三角恋 刘振亮露馅投中田
霍蜜儿不愧是霍总长的女儿，她按捺不住对程慈航的思念，来到警察厅大呼小叫，直到看见程慈航才收敛小姐脾气。程慈航对霍蜜儿毫无感觉，对她提出的无聊问题感到不胜其烦，程慈航想让严达庆把霍蜜儿接走。这时，欧阳倩进来送哈金斯的舞会请柬。霍蜜儿看到程慈航和欧阳倩的关系很不一般，坚持要和欧阳倩竞争，她也要到国际饭店参加舞会。
国际饭店，舞池内红男绿女翩翩起舞。程慈航和欧阳倩按时赴约，哈金斯看到风采迷人的欧阳倩，忍不住又对欧阳倩进行表白，要和程慈航展开竞争。装扮一新的霍蜜儿随后赶到，不顾程慈航身边的欧阳倩，自顾自地把程慈航拉进舞池。舞池内的霍蜜儿发现程慈航的心思根本没在自己身上。程慈航顾左右而言他，要送霍蜜儿回家，霍蜜儿不顾回答，痴迷地看着程慈航。一曲终了，对严达庆毫无感觉的霍蜜儿把严达庆在背后捣鬼的事情全部告诉程慈航，提箱程慈航提高防范意识。看到哈金斯邀请欧阳倩跳舞，霍蜜儿很是兴奋，追着程慈航表达爱意。舞池中的哈金斯告诉欧阳倩，程慈航和霍蜜儿更为般配。欧阳倩以霍然更喜欢严达庆为由反驳，哈金斯却误以为欧阳倩在为拒绝自己找借口。
舞会结束，程慈航以先和欧阳倩约定为由拒绝送霍蜜儿回家的要求。程慈航送欧阳倩回家的路上，二人谈着笑着，紧紧依偎在一起很久很久。欧阳倩回到宿舍，听到衣柜内发出声响，她意识到是调皮的李丽兰藏在其中，一杯水下去，果然是李丽兰。李丽兰劝欧阳倩要控制住感情，别忤逆师傅的意思，最终害了程慈航。深深地爱上程慈航的欧阳倩表示已经控制不了自己的情感。
遍寻霍蜜儿无果的严达庆找到霍然，霍然也找不到霍蜜儿，他对这个宝贝女儿也无可奈何。正在二人着急的时候，霍蜜儿兴高采烈地回到家中。霍然得知女儿和程慈航约会并且深深地爱上了这个小子说，气愤异常。比他更生气的是严达庆。
第二天，严达庆直奔程慈航办公室，警告他别再招惹霍蜜儿。程慈航问心无愧，看到严达庆实在不可理喻，拍着桌子把严达庆赶出办公室，随后就要领着欧阳倩会见一位神秘的江湖人士了解锦线的情况。欧阳倩以看看严达庆的反应为由拒绝了程慈航，借机通知锦线的联络员齐掌柜，让大家隐藏起来。
被关起来的刘振亮拼命挣扎喊叫，终于有一位锦线弟子过来安慰他。刘振亮提出喝水的要求，趁锦线弟子喂自己喝水的时机，用脚上的利刃杀死锦线弟子，挣脱绳索，连续杀死几名锦线弟子后匆匆逃离大院。激烈的搏斗中，刘振亮的证件掉在了草堆里。原来，他就是潜入锦线内部的日本特务宫本。
逃出来的宫本找到中田，中田失望生气但是又不愿在用人之际惩罚辛辛苦苦培养出来的宫本，他让宫本戴罪立功，充分利用手中的人脉资源挖掘挖掘档案的线索，让宫本以独立大盗的身份做事。
警察厅接到匿名报案电话，得知健康药店发生血案。现场勘察，警员发现刘振亮遗落的证件。严达庆怀疑此人就是凶手，他让关天平马上复印照片，如果发现此人立即抓捕。
严达庆找到自己安排在程慈航身边的刘猛，恩威并施，让他把程慈航侦破案件的进展告诉自己。
程慈航到办公室发现霍蜜儿喝得醉醺醺地坐在椅子上，原来，霍蜜儿已经等程慈航一天了。有警员把严达庆喊来，他在外面听到霍蜜儿和程慈航的对话，醋意大发冲进屋里。别看严达庆蛮不讲理，但是他在霍蜜儿跟前却软得像个绵羊。
第11集剧情介绍：连环案证物指锦线
喝得醉醺醺的霍蜜儿假装温柔地靠近严达庆，把他的配枪拔了出来，逼着严达庆离开办公室。
严达庆离开之后，赶紧打电话给霍然，诬陷程慈航妄图把霍蜜儿灌醉欲行不轨。霍然勃然大怒，立即要到警察厅找程慈航算账。霍然赶到警察厅，看见女儿和程慈航互相搀扶着出来，生气地指着程慈航大骂，要依法处理程慈航。霍蜜儿赶忙把霍然推开，程慈航劝霍蜜儿回家，任性刁蛮的霍蜜儿乖乖地上车。
冒充许老二义弟周亢的程慈航在街上看到一个熟悉的身影，他立即辨认出是那日和哈金斯会面的人，连忙跟了上去。这人正是混入锦线内部的日本特务宫本，锦线弟子发现他的行踪，立即进行围攻。危难时刻，程慈航出手把倒在地上的宫本救了下来。
酒桌之上，程慈航和宫本都没有把真实姓名告诉对方，程慈航谎称自己是为五九档案才千里迢迢来到南京。宫本受程慈航的救命之恩，加上他武功高强，宫本马上答应和程慈航联手查找五九档案。这一幕都被一直尾随程慈航的刘猛看到，他认出和程慈航在一起的是杀人犯刘振亮，赶忙告诉严达庆这一情况。严达庆决定公报私仇，把程慈航的问题彻底解决。酒酣耳热的程慈航发现赶来的警察，二人慌忙跳窗而逃，逃到一所小院，程慈航发现无路可逃，他掩护宫本先逃。面对爱情和事业的双重竞争对手，严达庆一枪托就把程慈航额头砸得鲜血直流。忍无可忍的程慈航一把夺过严达庆手中的枪，把他摁倒在地，看到关天平讲情，想到同事一场，程慈航决定放严达庆一马。不成想严达庆捡起枪又冲着程慈航连开数枪——弹匣已被程慈航卸下。
程慈航受伤，欧阳倩抓紧时间帮他处理伤口，霍蜜儿则要找严达庆算账。莫采石得知严达庆又对程慈航下死手，警告严达庆如有下次定会让他生不如死。等到霍然来到警察厅，莫采石拿出严达庆要求法办程慈航的报告让霍然决定，霍然假装生气让严达庆陈述事实。程慈航以借许老二之名发现线索而又不愿暴露身份为由解释事情原委。莫采石对程慈航做出停职处理，老J巨猾的霍然只好停严达庆一月薪水。各打五十大板，暗中较量的总长和厅长找到了平衡点。
接受马副官建议的莫采石暗中给程慈航置办了一处新的居所，他像父亲对儿子一样对程慈航关怀备至。
戴罪立功的宫本准备找一些江湖人士，从南京的高官府邸和各大使馆搜查五九档案的下落，并栽赃锦线。不几天，南京就接连发生大使馆被盗案件，霍然斥责莫采石办事不力。手下无人，莫采石也束手无策。霍然只好让莫采石恢复程慈航职务，并由自己做严达庆的工作。压力极大的霍然坐镇警察厅催促办案，竟然接到霍蜜儿找程慈航的电话。
程慈航得以名正言顺地勘察现场，均发现遗留有一种同样的花瓣。程慈航认为这应该是某个团伙的标志，欧阳倩假装不知。其实她一眼就看出这是锦线的标志——昙花，她想不明白到底是谁栽赃陷害锦线，她赶忙让齐掌柜让师傅出山。
程慈航推断飞贼的目的应该是五九档案，他急于到中央植物院弄清这种花到底是什么，欧阳倩借口整理材料不愿和他一起去。程慈航刚出警察厅大门就遇到霍蜜儿，霍蜜儿帮程慈航打通关节进入中央植物院，植物院刘院长告诉程慈航，这种花是昙花，很少有人见过。
第12集剧情介绍：高官府邸接连失窃 五九档案藏在莫家
程慈航得知现场遗落的是昙花后，向刘阿常询问锦线的标志是否为盛开的昙花。刘阿常先是油嘴滑舌地顾左右而言他，后又说锦线用昙花做标志是因为他们清高自负。程慈航看出刘阿常原本就知道，不过不愿说而已。程慈航真心希望刘阿常能够把知道的全部说出来，帮助自己侦破失窃案，为中国人做点事。刘阿常暗示程慈航放弃调查此案。
连续十三家官邸失窃，南京乱成一锅粥，中田异常兴奋。中田命令宫本别忘了杀人灭口。
莫采石让程慈航和欧阳倩一起参加莫太太的生日家宴。程慈航遍寻欧阳倩不到，他回到办公室仔细梳理失窃案的思路，深深地为此案的内幕忧虑不已，他担心五九档案藏在某个高官的府邸中。事实证明，程慈航的推断是正确的，莫采石手下的马副官就把五九档案藏到了莫采石家的地窖里。此次莫太太举行生日宴会，马副官又借机把藏着五九档案的铁匣子仔细地看了看，细心地藏了藏。
莫家府邸，莫太太生日家宴高朋满座。李丽兰假扮成女佣人前来凑热闹，遭到警察盘问后，她赶忙让欧阳倩帮自己掩护过去。欧阳倩正欲劝阻师妹李丽兰进入，程慈航让她和莫采石一起接见客人。这时，跟着霍然前来祝寿的霍蜜儿拉着程慈航问东问西。欧阳倩借机离开程慈航的视线，她发现李丽兰准备在莫家寻找五九档案，赶忙劝他不要冒险。这时，欧阳倩看到程慈航正注视着自己，假装训斥李丽兰。一反常态的欧阳倩让程慈航产生怀疑，更让他怀疑的是这个女佣竟然喷着价值不菲的香水。欧阳倩连忙岔开话题。寿宴开始，趁程慈航致祝酒辞的空档，欧阳倩连忙四处观察，她看到李丽兰溜上了二楼。正当欧阳倩为李丽兰担心的时候，程慈航出现在她身边，欧阳倩赶忙以邀请程慈航跳舞为由掩饰心中的慌乱。舞池外，霍蜜儿紧紧盯着英俊潇洒的程慈航，完全不顾严达庆的邀请。外面热闹非凡，书房里李丽兰正在四处翻找东西，突然，她一不小心弄倒了一个笔架，恰好舞曲终了，听到怪异声音的莫采石和赶忙上楼查看。欧阳倩顿时感到气氛骤然紧张起来，他劝也要上楼的程慈航照顾好霍蜜儿。莫采石上楼发现倒在地上的笔架，仔细搜查发现窗户没关，这时听到几声猫叫，误以为有猫闯入。李丽兰从书房侥幸脱险，不甘心的她不顾欧阳倩的劝阻执意要搜查地窖。就在李丽兰即将碰到铁匣子的时候，欧阳倩进来把她拖了出去。
李丽兰刚刚离开莫家，心存疑惑的程慈航到二楼书房嗅到了李丽兰身上的香水味，马上停下舞曲，查找那个女佣。调查发现酒楼只来六个人，那个女的说是莫家的帮佣，程慈航认为这个窃贼和五九档案有关系。女窃贼不见踪影，莫采石谎称只是丢了点钱，没什么大事，让大家继续跳舞。再入舞池，程慈航发现欧阳倩紧张地满手是汗，欧阳倩以刚才自己太紧张为由搪塞过去。舞会结束，莫太太帮助莫采石整理书房发现，窃贼真的翻动过莫采石的文件，她抱怨莫采石不把真相告诉程慈航。其实，莫采石隐瞒程慈航的事情还有很多，他让修表匠把一个巨大的座钟修好做旧，并刻上程慈航父亲程国栋的名字。
事后，程慈航到饭店继续了解得知，正是欧阳倩证明女佣是莫家人，程慈航想起欧阳倩种种异常之处，他陷入了深深的不安之中，他要试探一下欧阳倩，不出所料他到办公室看到欧阳倩正翻着办公桌的抽屉。程慈航质问欧阳倩和那个女佣的关系，并询问欧阳倩背后指使她看自己办案笔记的幕后人物到底是谁。欧阳倩只好交代是莫采石命令自己照顾并监督程慈航。
刘阿常刚刚走到警察厅门口，马副官就拦住他换地方谈谈。原来，一直命令刘阿常做事的就是莫采石身边的马副官。杀害许老二之后的刘阿常待在程慈航身边整天提心吊胆，请马副官能够放过自己，让自己享几天清福。
第13集剧情介绍：莫采石转移铁匣子 李丽兰会见哈金斯
马副官逼着刘阿常留下，马副官对刘阿常说自己手中有他在汪伪时期做警察的资料，恐吓刘阿常这些资料将会给他带来杀身之祸。接着马副官又安慰心惊害怕的刘阿常，这一切都是高层人士的安排。刘阿常怎么也想不到自己以“三朝耗子”自诩却没能玩过狡猾的马副官。
欧阳倩得知程慈航找莫采石询问究竟，她为程慈航不相信自己很是生气。程慈航连忙解释原因，希望二人之间永远没有欺骗。心事重重的欧阳倩赶忙依偎在程慈航怀里，说如果以后错了什么希望程慈航能够原谅自己。那边卿卿我我，这边霍蜜儿还在程慈航办公室苦苦等待。严达庆告诉霍蜜儿，人家程慈航已经和欧阳倩约会去了。霍蜜儿一赌气，让严达庆把自己送回家，然后把严达庆送的东西全部送给了卫兵，以此证明自己一点都不喜欢严达庆。严达庆忙说程慈航和欧阳倩快要结婚，莫采石已经给他们准备房子和家具了，霍蜜儿竟然说宁愿做程慈航的小老婆也不嫁给严达庆。我行我素的霍蜜儿把霍然和严达庆气得够呛。严达庆斗不过程慈航，又缠不过霍蜜儿，他只得来找莫采石诉苦，莫采石表示对于他们的事情自己不好参与，爱莫能助。
程慈航紧紧盯住了锦线这个神秘组织，他想和锦线玩螳螂捕蝉的游戏，准备等锦线从高官府邸盗取五九档案后，自己再伺机下手。他想从刘阿常和欧阳倩那里了解到锦线更多的情况，刘阿常和欧阳倩均表示一无所知。程慈航只好找霍蜜儿帮助查侍从室的情况，欧阳倩醋意大发，直接嚷了起来。刘阿常借打水之机溜走，赶忙把程慈航怀疑五九档案可能在高官家里的消息告诉马副官。
程慈航让霍蜜儿帮自己查侍从室，霍蜜儿认为等到了机会，让程慈航先陪自己逛街。霍蜜儿撒娇地让程慈航喂自己吃冰激凌，一直跟着霍蜜儿的严达庆看到二人拉拉扯扯，气得眼都红了，要粗暴地把霍蜜儿拉回家。程慈航看到严达庆毫无绅士风度，连忙让严达庆放手。严达庆毫无办法，只好又找霍然诉苦。霍然看到严达庆占据绝对有力条件，却不能在案件侦破中胜出程慈航，很是失望，把严达庆怒骂一通。
这边，莫采石让马副官把修好的座钟放到给程慈航装修好的房子里。马副官支开众人之后，把五九档案的铁匣子放到座钟的底座里。一切安排停当，莫采石让程慈航和欧阳倩参观新家，他告诉程慈航这座钟是程国栋的遗物，程慈航为莫采石和父亲的友谊感动异常。离开新房子，一路走来，程慈航憧憬着自己和欧阳倩未来的幸福生活，借机向欧阳倩求婚。欧阳倩担心自己在锦线的身份会影响到和程慈航的关系，没敢贸然答应。
欧阳倩的师傅，锦线的掌门人马太太从外地回来，劈头盖脸地把贸然去见哈金斯的李丽兰训了一通。马太太认为五九档案固然重要，民族大义更加重要，她准备亲自见哈金斯一面。同时，马太太对欧阳倩和程慈航的关系进展也很担心，他提醒欧阳倩不要为情所困。，阻止欧阳倩和程慈航继续发展。得知马太太回到南京的消息，宫本赶忙告诉本田，尽量争取锦线这个神秘机构。
哈金斯得知马太太要和自己见面，匆匆跑出国际饭店，撞在一个高贵的夫人身上。来到包间，哈金斯看到等着自己的是李丽兰，很是失望。李丽兰告诉哈金斯刚才在门口碰到的就是马太太。原来，轻易不见人的马太太借此表示诚意。哈金斯决定和锦线合作。
程慈航为了了解锦线的情况让刘阿常把最近几十年审讯黑帮的档案全部搬过来。看到程慈航废寝忘食地查阅档案，关天平询问程慈航工作的动力从何而来，关天平告诉程慈航二人理想也许相同。
第14集剧情介绍：欧阳倩难违师命 抓飞贼达庆争功
听到关天平和自己谈理想，程慈航认为关天平拿的是国民政府的俸禄，二人道不同不相为谋。其实程慈航不知道关天平是共产党员。
哈金斯看到李丽兰确实是锦线掌门马太太的全权代表，赶忙表明合作意愿——一起找五九档案。会谈结束，李丽兰离开国际饭店，她在门口发现刘振亮和燕子飞二人鬼鬼祟祟地盯着自己，赶忙返回饭店让哈金斯做自己的护花使者。哈金斯不明就里，很绅士地陪着李丽兰离开国际饭店。在锦线呆了很长时间的宫本认为李丽兰如此行事一定另有用意，赶忙阻止要贸然行动的燕子飞。
欧阳倩看到程慈航来宿舍找自己，连忙躲了起来，看到心爱人着急的样子，她想到师傅对自己的叮嘱，内心万分纠结苦楚。程慈航寻找欧阳倩不得，回到办公室看了一夜的资料，不知不觉倒在沙发上睡着了，直到第二天刘阿常进来，程慈航才被惊醒。醒来之后，程慈航就问刘阿常知不知道锦线的仇家。刘阿常赶忙把这个消息告诉严达庆，严达庆想从程慈航所看的资料中，找到程慈航侦破案件的思路。
马太太把锦线的圣物昙花交给欧阳倩保管，她交给欧阳倩的何止是昙花，其实是信任和责任。欧阳倩明白马太太的用意：从此之后，她和程慈航只能是对手或者是敌人。欧阳倩陷入深深的痛苦之中。爱到深处而又不明就里的程慈航要送给欧阳倩一枚玉佩作为定情物，欧阳倩借口礼物过于贵重连连推辞。刘阿常的出现让这个场面更为尴尬，程慈航赶忙向欧阳倩他们梳理案件中关于锦线的情况，他推测一定是锦线的叛徒对以昙花为图腾的锦线进行栽赃。听到这里，欧阳倩想到李丽兰差点被燕子飞暗算，她眉头一皱计上心头，赶忙对程慈航说，此贼应该是燕子飞。欧阳倩情绪突然变化如此之大，程慈航决定在弄清真相之前，先按兵不动。
得到消息的刘阿常急忙把此事告诉马副官，马副官让他向严达庆邀功，借以牵制程慈航。严达庆准备立即抓捕燕子飞，霍然和莫采石早已焦头烂额，自然同意严达庆的意见。怕程慈航抢功的严达庆安排抓捕时把程慈航安排在边缘地带，程慈航默默接受了任务。原来，程慈航故意把燕子飞的落脚之处兰家庄说成是边缘地带，他成功地骗过了严达庆。不料，就在程慈航向欧阳倩陈述这些的时候，把这一切听到耳中的刘阿常又告诉了严达庆。
果不出程慈航所料，燕子飞和宫本返回兰家庄。宫本发现路上已经布满了便衣，丢下燕子飞赶忙溜走。燕子飞发现四周全是警察时，赶忙逃跑。燕子飞正为自己甩掉严达庆暗自窃喜时，包抄过来的欧阳倩及时赶到，谁知欧阳倩不是燕子飞的对手，几个回合下来就被燕子飞用枪顶住脑门。幸亏程慈航一脚把燕子飞踢翻在地，把欧阳倩救了下来。这个时候，严达庆才领着一班警察赶到，程慈航扶着受伤的欧阳倩，惹得严达庆冷嘲热讽。程慈航对严达庆不屑一顾，抱起欧阳倩就走。
返回警察厅，严达庆看到一直等在门口的霍蜜儿，又对程慈航和欧阳倩诬陷侮辱。忍无可忍的程慈航狠狠给了严达庆一记耳光。程慈航借送欧阳倩回宿舍之机想了解她反常的原因，师命难违的欧阳倩只有无言以对，独自承受痛苦。
警察厅门口，得到消息的各大报社的记者蜂拥而至，严达庆宣布飞贼案成功告破，他俨然以功臣自居。不料，程慈航却说只是抓了个嫌疑犯。警察厅内部意见相左，记者们乱做一团，在外围观的断指发现卖给自己情报、杀害许老二的朱老板竟然是警察。
程慈航展现的办案天才加上他完全不懂政治规则让莫采石很是头疼。
第15集剧情介绍：马副官找人杀断指 程慈航继续找线索
莫采石告诉程慈航，说话不讲政治原则会得罪很多人，他让程慈航把功劳全部让给严达庆，作为补偿条件，莫采石答应程慈航会为他继续侦破案件提供最大帮助。
断指发现给自己送情报的朱老板竟是警察后，整天在警察厅附近观察，终于有一天，他看到刘阿常出去执行任务，鼓足勇气到警察厅找厅长报案。对五九档案毫不知情的哨兵向厅长办公室打电话，莫采石恰好外出开会，马副官让哨兵悄悄地把断指领到办公室。断指第一次见到这么平易近人的大官，赶忙把和五九档案相关的情况全部告诉马副官，马副官确定断指确实是和许老二一起偷走五九档案的窃贼之后，谎称会重重奖赏断指。并告诉断指为了安全起见，此事不可告诉其他人，还给他找了个安全的地方藏身。一转脸，马副官就找到刘阿常，让他把断指杀了灭口。身藏小旅馆的断指一直小心翼翼，惶惶不可终日，当他警觉地发现那个杀害师傅许老二的朱老板偷偷进来的时候，赶忙悄悄地逃了出去，他不再相信莫采石和马副官。
程慈航为欧阳倩对自己忽冷忽热很是不解，欧阳倩又不愿把事情说清楚，程慈航只好邀欧阳倩参观新居，欧阳倩发现送给程慈航的那盆昙花养得很漂亮，很是欣慰。程慈航告诉欧阳倩凡是她送的东西自己都会好好珍惜，正当二人浓情蜜意相视而笑的时候，霍蜜儿突然敲门来送东西。欧阳倩看到霍蜜儿三番五次地打搅，加上心中有事，她借故离开。追出门外的程慈航让欧阳倩和自己一起回去向霍蜜儿表明关系，欧阳倩坚持离开。
看到程慈航生气，天真任性的霍蜜儿这才拿出帮程慈航调查的侍从室名单。霍蜜儿看着程慈航的冷脸，待在屋里、百无聊赖的她发现座钟特别响，她想打开看看究竟，程慈航以这是父亲的遗物为理由训了霍蜜儿一通。离开之后，欧阳倩突然想起霍蜜儿要交给程慈航一些东西，她怕遗漏重要情报，赶忙赶回去找程慈航。霍蜜儿赶忙对欧阳倩道歉，解释说此行是为了送破案资料。
与此同时，严达庆急于立功，用尽各种手段，但燕子飞咬紧牙关，死不承认这些案子是自己所为。燕子飞苦苦撑了一段时间，认为时机一到，赶忙诬陷此案是锦线所为。看到燕子飞死不承认，莫采石准备让程慈航接手审讯。程慈航赶到办公室就问线人举报五九档案的问题，莫采石谎称马副官尚未汇报此事，并说这可能是骗子来骗取奖金。听莫叔叔如此着急让自己审讯燕子飞，程慈航只好从命。莫采石看到程慈航不顾自己急于突破连环盗窃案，，还如此执迷于五九档案，莫采石更加担忧。
程慈航进门喊了声兄弟，还给燕子飞倒水表示关心，燕子飞假装感动，还想栽赃锦线。程慈航直言燕子飞所作所为是为了报复锦线，看到程慈航如此睿智和英勇，燕子飞把自己作案的过程和赃物存放地点全部交代得清清楚楚。莫采石让严达庆根据燕子飞的供词搜查赃物，报纸上的消息让霍然很是兴奋，霍蜜儿对抢功的严达庆一脸的不屑，对程慈航却是满脸钦慕。
第16集剧情介绍：再被骗断指失望 被婉拒厅长生气
小野等人一直探查不到程慈航的行踪，中田勃然大怒。这时，宫本告诉中田断指在南京出现，他希望中田能够派人帮助自己关注断指动向。
为了尽快找到断指，程慈航找到莫采石，请他让马副官帮助自己把断指的画像。马副官谎称断指只是一个骗子，知道断指已经逃走的马副官还把断指的住址告诉了程慈航。程慈航准备到小旅馆查看一番。
对莫采石和严达庆失望至极的断指只好把希望寄托在布衣神探程慈航身上。他鼓足勇气给警察厅打电话找程慈航，电话恰好被严达庆接到，他冒充自己就是程慈航，要到大门口和断指见面。断指认识这位凶神恶煞的严处长，他误以为严达庆是程慈航派来寻找自己的，对程慈航失去了最起码的信任。
正当宫本等人在小旅馆准备行动的时候，他们发现程慈航也已经赶到。程慈航确认画像确实是断指之后，马上让刘阿常引发通缉令。欧阳倩误以为程慈航的注意力被断指吸引过去，忙向程慈航道喜，程慈航告诉欧阳倩，锦线有一位聪明而且手段高强的姑娘也许会成为强劲的对手。欧阳倩看到程慈航已经注意锦线，连忙提醒李丽兰此时要冷静下来，让李丽兰务必到找断指。
莫采石看到霍蜜儿对程慈航痴心未改，告诉霍蜜儿已经准备替程慈航向欧阳倩提婚。莫太太为了给未来的侄媳妇做个榜样，精心在厨房准备饭菜。席间，欧阳倩得体的言行让莫太太很是喜欢。莫采石让太太把给欧阳倩的订婚礼物拿出来，根本不敢答应婚事的欧阳倩连忙推辞。莫采石看到小警员欧阳倩竟如此不识抬举，他很是生气，但城府很深的莫采石把对欧阳倩的不满藏在心底。欧阳倩借口有事匆匆离开莫家，程慈航追出来好一通解释，欧阳倩仍然没有释然。程慈航把欧阳倩一直送到宿舍，发现在这里等着自己的哈金斯。原来，哈金斯想从程慈航这里探得关于五九档案的一点口风。
痴迷于程慈航的霍蜜儿竟然撬开程慈航家里的门锁，准备把家具全部换掉。匆匆赶到的莫采石赶忙制止正在摆弄座钟的霍蜜儿，劝她说这是程慈航父亲的遗物。霍蜜儿告诉莫采石自己深深爱着程慈航，几天前，自己还帮着程慈航找到了侍从室的名单。莫采石听到这里，很是后怕，他亲自把天不怕地不怕的霍蜜儿送到霍然府上。霍然决定把霍蜜儿锁在家里。
第二天，霍蜜儿赶忙告诉程慈航，因为把调查侍从室的事情，自己被关在家里，程慈航这才明白莫叔叔给自己安排哨兵的原因。他决定主动告诉莫采石自己调查侍从室的事情，莫采石告诉程慈航别惹这个麻烦。程慈航退而求其次，让莫采石帮忙从警察厅查起，查清知道五九档案秘密的所有人。
第17集剧情介绍：李丽兰接连作案 程慈航发现端倪
莫采石说警察厅只有自己一人知道五九档案的详情。程慈航推断应该是从侍从室泄密，加上警察厅里有内鬼执行，完全可以和许老二内外勾结进而盗取五九档案。莫采石让程慈航别再单独行动，要考虑霍蜜儿的感受，还暗示霍蜜儿比欧阳倩好相处。这时，关天平过来报告，外交部费次长家发生失窃案，莫采石让程慈航火速破案。
程慈航立即赶到案发现场，他发现欧阳倩偷偷地把现场的昙花花瓣藏了起来。程慈航实在想不明白欧阳倩这一做法的动机，他不愿意相信欧阳倩和作案人是同案犯，程慈航陷入深深地思考中。程慈航想不到的还有欧阳倩在做笔录时，暗示佣人杨妈窃贼应该是白天作案。
一波未平一波又起，这边还没结束，教育部朱部长又报案家中被盗，欧阳倩主动请缨，让程慈航顿感疑惑。一路上，程慈航都在回忆欧阳倩的反常之处。
严达庆得知莫采石把盗窃案全都交给程慈航，想让霍然帮助自己出头。莫采石以程慈航是总署聘请的独立大侦探为由不同意改变决定。严达庆看到无法改变，对主持破案的程慈航冷嘲热讽，欧阳倩连忙说此案可能是燕子飞的同党所为。欧阳倩一系列反常的表现，让程慈航觉得自己有必要退出案件的侦破，好冷眼旁观局势，看清欧阳倩在办案中的表现。这一决定，大出众人意料。
连续盗窃两家，李丽兰均一无所获，哈金斯让李丽兰到霍然家探取秘密。李丽兰为了替欧阳倩出气，决定借机教训一下霍蜜儿。果然，李丽兰闯入霍然家后，霍蜜儿发现窃贼吓得嚎啕大哭，她误以为是严达庆找人刺杀自己，霍蜜儿让爸爸找程慈航过来保护自己。一时束手无策的霍然只好舍脸找程慈航到家查找线索。程慈航再次嗅到李丽兰身上的香水味，他预感到自己能迅速破案，但是又害怕这种感觉，他不愿相信欧阳倩会被民间组织收买。程慈航决定尽快抓住飞贼，证明欧阳倩的清白。
欧阳倩看到现场留下的昙花花瓣，知道这三宗案件都是李丽兰所为，她劝李丽兰别太过放肆，让李丽兰停下一切行动。李丽兰说已经和哈金斯约好见面，然后匆匆离去。为了给哈金斯一个交代，李丽兰把一件珍品字画交给哈金斯。这时，程慈航闯了进来，他发现还在微微飘动的窗纱，误以为李丽兰已经逃走，以哈金斯是盗窃案主谋为由把他抓了起来。即将离开酒店，哈金斯才借口字画是自己买来的，李丽兰借机溜走。
急于破案的严达庆认定此案是燕子飞的同伙所为，他对燕子飞严刑拷打，还抓了很多人严刑审讯。莫采石为此很是生气，他让程慈航抓紧时间破案。程慈航要求抓到疑犯后，必须由自己亲自审理，任何人不得干预，莫采石只好答应。
程慈航再次来到费次长家里询问杨妈，获知杨妈在案发当日曾经见过一个漂亮的姑娘在费太太卧室里打电话。
第18集剧情介绍：慈航探访同安苑 丽兰离开南京城
直到费太太回来，杨妈才知道太太的首饰被盗。但是费太太平时蛮不讲理，杨妈不敢讲出实情。程慈航理解杨妈的苦衷，他答应杨妈不会把事情告诉费太太。杨妈信任程慈航，又提供那个姑娘打电话时曾说过京华细菌战孤儿这一重要情况。程慈航马上让刘阿常帮忙打听收留战争孤儿的机构。
霍蜜儿到警察厅找程慈航表示感谢，恰好碰到欧阳倩，她告诉欧阳倩，程慈航已经到自己家里勘察过，并确认作案者和到莫采石家的飞贼为同一人。欧阳倩连忙找关天平核实这一消息，然后借口身体不适离开审讯室，欧阳倩回忆起程慈航这段时间以来的反常表现，她推测程慈航百分之百地盯上了李丽兰，却又一直躲着自己，她不知道程慈航将来会怎么对付自己。欧阳倩的心顿时沉到水底。
程慈航根据自己这几次看到的情况，画出李丽兰的肖像，故意展示给欧阳倩看看，并询问欧阳倩是否印发通缉令。形势危急，欧阳倩赶忙让李丽兰离开南京城。谁知李丽兰固执地以为自己从未失过手，更何况还有很多孤儿等着自己安置，她坚决不愿离开南京。
这边的刘阿常打听到消息，同安苑近阶段接受了很多孤儿，其中还有几个是京华细菌战中幸存下来的。程慈航决定探访这个神秘的地方，便和刘阿常便装步行直奔同安苑。同安苑其实就是锦线的所在地，程慈航站在门口，突然看到一个熟悉的身影，那是正在安置孤儿的李丽兰。同时，李丽兰也看到了程慈航，她赶忙离开。
程慈航看到满院子的孤儿，这一幕似曾相识，他想到了也曾被救助。心地善良的程慈航已经顾不上追查李丽兰，他准备捐钱帮助这些和自己有着相同命运的孤儿。程慈航离开同安苑时，发现一个车夫形迹可疑，似乎在等李丽兰，几句简单的交谈，程慈航就发现车夫的破绽。程慈航让刘阿常从人力车夫入手查找李丽兰的下落。不久，刘阿常就得知确实有位漂亮且出手大方的小姐经常出入同安苑，还经常出入国际饭店。程慈航决定到国际饭店蹲守，他领着众人直奔国际饭店。
国际饭店，程慈航调查饭店经理得知李丽兰刚刚退房离开。程慈航认为这次是秘密办案，应该没人通知李丽兰，他认为自己还有从容办案的时间。程慈航从服务员口中得知，李丽兰离开国际饭店时乘坐的是大发车行的一辆黑色轿车，当时她直奔南面的夫子庙方向而去。程慈航继续蹲守国际饭店大堂，让刘阿常等人从大发车行入手调查李丽兰的行踪。欧阳倩发现程慈航离李丽兰越来越近，她决定冒险救援李丽兰。
程慈航得到刘猛的汇报，让他们在夫子庙旁的旅馆认真排查新入住的人员名单。尾随而至的欧阳倩看到刘阿常等人越来越接近李丽兰的住处，决定马上找到李丽兰让她撤离。接到消息的齐掌柜让李丽兰赶紧回双流湾，李丽兰认为程慈航手中没有证据，还要回去处理那些价值不菲的战利品。看到李丽兰不听劝告，齐掌柜无可奈何地直摇头。
久等李丽兰不至，程慈航让服务员打开李丽兰的房间，认真搜查，结果一无所获。程慈航安排刘猛蹲守旅馆大堂等候李丽兰。看到程慈航等人离开，李丽兰进入房间，调开水龙头假装沐浴。刘猛赶忙报告程慈航，程慈航让刘猛小心从事，最好能够找到窝赃的地点。案件到了关键时刻，程慈航陷入矛盾之中，他不知道是否应该告诉欧阳倩，是否该抓李丽兰。这时，欧阳倩从外面回来，程慈航征求欧阳倩的意见，欧阳倩表明自己和飞贼毫无关系，应该马上抓捕飞贼。欧阳倩的话让程慈航决定马上抓捕李丽兰，压力极大的莫采石也催促程慈航赶紧抓人。
刘猛发现李丽兰结账离开，程慈航让刘猛跟着她，看能否发现赃物藏匿地点。刘猛一路跟踪李丽兰到下关码头，看到李丽兰买船票准备离开南京。程慈航接到电话驱车赶往下关码头发现李丽兰已经登船离开。看到船已离岸，程慈航让海关缉私队帮忙抓人。
第19集剧情介绍：找赃物丽兰被抓 救女儿成祖复出
欧阳倩看到程慈航让海关缉私队帮忙抓捕李丽兰，她向程慈航提出抗议，不能无凭无据地随便抓捕公民。这时，刘阿常告诉程慈航，海关缉私队已经把李丽兰抓到了码头上，但是要警方拿出证据才能把人交给警方。程慈航计上心来，用手铐把刘阿常铐了起来，谎称刘阿常是偷盗团伙的成员，让刘阿常指认李丽兰是盗窃团伙的舵把子。欧阳倩眼睁睁地看着李丽兰被程慈航抓走，一时不知道该怎么办才好。
急于抢功的严达庆到码头发现，程慈航已经把人抓走，他准备提审李丽兰。程慈航告诉严达庆这个疑犯是枚定时炸弹，因为抓捕此人时，不但没有证据，连逮捕证都没有。严达庆一时不知该怎么接手，只好等着看程慈航如何出丑。支走严达庆，程慈航来到审讯室，李丽兰假装什么都不知道，程慈航只好告诉李丽兰，也暗示陪同审讯的欧阳倩，自己想和锦线的人交朋友，不会为难锦线的人。
程慈航审问无果，这边哈金斯准备找律师保释李丽兰，莫采石和程慈航倍感压力极大。米高律师来到后，指责警方没有证据就抓合法公民，这是对法律的践踏。程慈航不卑不亢，他让米高转告哈金斯，别耍什么花样。
原来，程慈航已经找到大发车行的司机。该司机确认李丽兰是在朱雀桥上下车，拉着两个大箱子要到桥南边的小旅馆。程慈航推断李丽兰应该把箱子存在银行，调查结果验证了程慈航的推断，李丽兰化名陈秀清在兴业银行存了两个箱子。银行为了保护客户的利益，规定只有拿出保管单才让取走箱子。程慈航让欧阳倩再次对李丽兰搜身，李丽兰开玩笑地说干脆脱了衣服让欧阳倩彻底搜查，趁程慈航外出之机，欧阳倩赶忙劝李丽兰把提货单交给自己，李丽兰认为没有问题。搜身依然无果，程慈航坚信提货单一定在李丽兰身上，他准备用药酒把李丽兰灌倒之后再次搜身。李丽兰看到程慈航提着酒菜来到审讯室，误以为程慈航已经束手无策，但还是警惕地和程慈航换了酒杯。几杯酒下肚，李丽兰一头栽倒在桌子上。勉强支撑的程慈航赶忙让人进来从李丽兰身上搜查提货单。等程慈航醒过来，刘阿常告诉他，已经从李丽兰腋下搜出了提货单。
欧阳倩看到从银行取出的证物，她不敢想象程慈航今后会如何对待锦线。欧阳倩抓紧时间找到齐掌柜，希望她通知马太太回来。齐掌柜告诉欧阳倩，马太太忙着转移东北的孤儿，但是李丽兰的干爹戚成祖来了。欧阳倩认为隐藏很久的戚师伯之所以重出江湖，应该是因为李丽兰。果真如此，齐掌柜告诉欧阳倩，戚师伯已经去警察厅找他的老战友莫采石厅长去了。
老友相见，叙旧寒暄后，戚成祖切入正题，他说此行专为女儿的金兰姐妹李丽兰而来，希望莫采石能够给自己个面子，网开一面。莫采石只好答应容许自己想想办法。戚成祖临走时询问莫采石，现在风光无限的程慈航是否就是战友程国栋的儿子，原来是戚成祖从日军手中把程慈航救出来交给莫采石抚养。莫采石怀疑戚成祖和锦线有关系，他害怕程慈航会因此受影响。
戚成祖见到齐掌柜才知道，抓住李丽兰的正是程慈航，他为把程慈航交给莫采石后悔。欧阳倩见到戚师伯，才知道过去自己和程慈航同时被锦线从日军手中救出来，为了不让程慈航在锦线受罪，戚师伯把程慈航交给当了团长的莫采石抚养。
证明李丽兰就是锦线弟子后，程慈航想求证欧阳倩和锦线的关系。欧阳倩阴晴不定的态度让程慈航很是不解，他坚信欧阳倩和锦线绝不是毫无关系的，程慈航担心的是欧阳倩到底和锦线有多深的交往。
莫采石脑中越来越乱，他怕程慈航卷进各方势力错综复杂的漩涡之中。
第20集剧情介绍：霍蜜儿释放李丽兰 众势力盯住马歇尔
程慈航实在看不透欧阳倩，他找到霍蜜儿借酒浇愁。喝得醉醺醺的程慈航误把霍蜜儿当做欧阳倩，抱怨她欺骗自己。程慈航的醉话让霍蜜儿摸不着头脑，只是一味安慰程慈航。
欧阳倩准备不惜一切代价救出李丽兰，她把戚成祖来到南京的消息告诉李丽兰，让李丽兰记住自己是戚成祖女儿戚晓兰最好的朋友。莫采石面对战友戚成祖的催促，借口程慈航不愿配合拒绝放人。莫采石想套出戚成祖的真实身份，眼见戚成祖口风极紧，莫采石让马副官调查清楚戚成祖的底细。戚成祖领着晓兰回家时发现有人跟踪自己，他怀疑程慈航也像莫采石一样发生了变化。
霍蜜儿穿着睡衣匆匆从家里跑到警察厅，准备见一下飞贼李丽兰。欧阳倩见状，谎称程慈航已经喜欢上了那个聪明妩媚的女飞贼，醋意大发的霍蜜儿坚决要见李丽兰。天真的霍蜜儿看到李丽兰不仅长得国色天香，性格还乐观开朗，马上喜欢上了和自己有很多相似之处的飞贼，一会就和李丽兰成了好朋友，干脆结拜成姐妹。为了姐妹义气，更为了保卫自己的爱情，霍蜜儿一时冲动就把李丽兰放了。
程慈航发现李丽兰逃走，急忙四处寻找。欧阳倩想把李丽兰藏到食堂，不料，恰好被程慈航看见，欧阳倩急中生智，假装刚刚把李丽兰抓住。
多方努力无果，欧阳倩正在为救李丽兰发愁。齐掌柜告诉欧阳倩，马太太最近几天就会回来找哈金斯，准备让美国人帮助救李丽兰。同时转告欧阳倩，趁着马歇尔代表团来访南京时制造机会接近哈金斯。为了完成任务，欧阳倩以发现同安苑建有孤儿院为由，向程慈航解释自己为李丽兰掩饰的原因。眼看程慈航认可了自己的解释，欧阳倩提出盯住哈金斯，期望接近五九档案，程慈航认为应该把重点放在江湖人士身上。
马歇尔来访，安保任务把霍然和莫采石压得喘不过气来。莫采石让手下放出风声，警告江湖人士关门收工，否则很难再江湖上混下去。
中田得知马歇尔来访，认为他是为五九档案而来，他安排宫本死死盯住哈金斯。各方人士齐聚国际饭店，程慈航看到刘振亮正和哈金斯交谈，赶忙化装成周亢在外面等着他。见到刘振亮，程慈航谎称自己刚从监狱出来，刘振亮劝他跟着自己干票大的买卖。哈金斯的手下发现程慈航和刘振亮关系密切，误以为程慈航是刘振亮的同伙，哈金斯非常生气。
为了保证马歇尔的安全，内务部派来王少尉配合代表团的工作。警察厅安排严达庆负责国际饭店的安保任务。
第21集剧情介绍：程慈航混迹江湖 王少尉意外被杀
严达庆不愿意程慈航和自己一起执行安保任务。程慈航告诉莫采石，自己准备混迹江湖做江湖人士的工作，然后告诉和自己关系稍微缓和的欧阳倩，自己最近约了江湖朋友，陌生场合不要贸然打招呼。欧阳倩急忙把程慈航不在警察厅的消息通知齐掌柜，让她趁着这个机会救出李丽兰。
国际饭店，程慈航化身周亢和刘振亮正在大堂观察情况。执行安保任务的严达庆领人布置在各个角落。刘振亮发现欧阳倩的身影，害怕暴露，急忙借口离开。这时，刘阿常发现小飞行迹匆匆，赶忙一路追赶。程慈航为了取得小飞的信任，躲到墙角，三拳两脚就把刘阿常揍翻在地。小飞佩服地告诉程慈航，刘阿常经常找江湖人士打探消息，同时告诉程慈航断指准备刺杀刘阿常。程慈航没想到平时老实巴交的刘阿常还有另外一种面孔。程慈航连忙回到警察厅找到断指的画像，在小飞确定所说之人确为许老二的徒弟后，程慈航让他帮忙调查断指的情况。这时，一身少校军装的刘振亮推门而入，程慈航谎称让小飞帮自己买东西。刘振亮借口自己要去踩点，随后离开。程慈航身处暗流涌动的国际饭店之外，他推测行踪诡异的刘振亮一定到了那里，但是程慈航又期盼小飞带来断指的消息。不大会，小飞就回来告诉程慈航，断指住在中华门外北山门附近的茶水灶。
刘阿常一瘸一拐地走到饭店大厅，哈金斯正绅士地邀请欧阳倩共进晚餐，哈金斯告诉欧阳倩，程慈航此时应该无限接近五九档案的真相。二人交谈正酣时，喝得醉醺醺的王少尉和两个江湖人士发生冲突，哈金斯连忙派人送王少尉回屋。接着，哈金斯回到自己房间，他发现马太太约自己晚上在田园茶楼见面。哈金斯找到王少尉，让他帮忙看好自己的手提包并和王少尉换了衣服。
田园茶楼，马太太终于等到哈金斯，她推断美国人并没有找到五九档案的线索，因此指责哈金斯不积极营救被关进警察厅的李丽兰，说他们缺少合作的诚意。哈金斯只好答应尽快吧李丽兰保出来。
果然不出程慈航预料，刘振亮赶到国际饭店时，哈金斯也刚刚从田园茶楼回来。刘振亮赶忙躲到服务台后面，用枪顶住服务员，在服务员的掩护下，匆匆脱险。这边，哈金斯敲王少尉房间里的门很久都没人应声。
走投无路的断指到国际饭店投靠美国顾问团，谁料被刘振亮发现。刘振亮看到断指轻功了得，想把断指拉过来为自己效力，刘振亮得知此人就是许老二的徒弟后更是兴奋。这边，程慈航赶紧把断指的住址让刘猛转告欧阳倩。谁知欧阳倩这时在国际饭店还没有回来，哈金斯邀请欧阳倩喝点早茶，并答应帮助给欧阳倩提供见到马歇尔的机会。
痴情的霍蜜儿为了接近程慈航，她甚至学做饭菜讨好莫采石夫妇。霍蜜儿喜欢程慈航不得，醉醺醺地向莫采石抱怨程慈航只听欧阳倩的建议，完全不顾自己的感受，莫采石怂恿霍蜜儿今后不要再听霍然的话，霍蜜儿马上提出喊莫采石夫妇干爹干妈。莫采石为了改善和霍然的关系，找到霍然提出结为干亲家的要求，霍然也是求之不得。
马歇尔将军即将来到，哈金斯让服务员打开房门，只见王少尉倒在血泊中。
莫采石得知程慈航到南城调查五九档案的情况，答应程慈航过去马歇尔来访这段时间，会给他提供一切可能的帮助。这时，国际饭店打电话说王少尉被杀。
戒备森严的国际饭店发生凶杀案，严达庆一时束手无策。
第22集剧情介绍：锦线弟子抓到断指 五九档案流落江湖
刘阿常向严达庆提供王少尉和两个酒鬼吵架这一情况，严达庆秘密布置抓捕，原来其中一人是洞庭湖二当家的。
上峰不断催促办案，霍然和莫采石压力极大，得知严达庆把洞庭湖二当家打得皮开肉绽却毫无结果，霍然急忙让程慈航回来侦破案件。程慈航到案发现场仔细勘查，他推断凶手的目标其实是哈金斯，王少尉只是替死鬼。程慈航不顾严达庆和哈金斯的质疑，带着关天平等人赶往刘振亮的住处，结果扑了个空。
程慈航询问哈金斯和刘振亮的关系，哈金斯说刘振亮冒充锦线的人曾经和自己联系过，他差点就把自己和锦线的关系说出来。程慈航推断哈金斯曾经向刘振亮说过自己掌握了五九档案的线索，导致刘振亮盯上了他，种种证据指向凶手的目标其实是哈金斯。程慈航亲自到南城寻找断指的下落，恰好碰到欧阳倩，欧阳倩埋怨程慈航不把案件的进展告诉自己。看着欧阳倩远去的背影，程慈航感到无比的温暖，他感觉也许就是自己对办案过于专注，忽略了对欧阳倩的关心。
此时的断指已经不再相信任何人，他偷偷地把五九档案埋在树林里。谁知一个乞丐把这一切看在眼里，等断指走后，老乞丐把铁匣子挖了出来，拿这个铁匣子抵了几个包子钱。
欧阳倩告诉齐掌柜，一定让锦线弟子在程慈航之前找到断指。锦线弟子果然不同凡响，把断指打晕后藏在马桶车里运到健康药房齐掌柜处。断指油嘴滑舌，拒不承认自己是许老二的徒弟断指。
这边，严达庆看到程慈航办案大出风头，自己逐渐被边缘化，他投诉程慈航和凶手刘振亮关系密切。莫采石告诉程慈航不要再参与抓捕刘振亮的工作，程慈航担心莫采石受到牵连，让莫采石先停自己的职。其实，程慈航的真实想法是腾出时间查找刘振亮和五九档案的下落。严达庆得知程慈航被停职，认为莫采石是公平公正的，誓死追随莫厅长。躲在一边的霍蜜儿让莫采石别相信严达庆的鬼话。这时，哈金斯为了表达和锦线合作的诚意，以李丽兰一直为美国顾问团服务为由让莫采石放了李丽兰。
程慈航发现断指神秘失踪，他认识到自己一定在某个环节出了问题，他仔细梳理相关情形，意识到欧阳倩对自己撒了谎，她和断指的失踪一定有关系。这边，欧阳倩看到审问断指无果，为了避免引起程慈航的怀疑，她准备把断指带到警察厅。欧阳倩想让程慈航审出结果后抢在他的前面把五九档案的消息弄到手，同时把李丽兰救出来，欧阳倩这个一箭双雕的主意打得很是漂亮。
第23集剧情介绍：杀断指副官露馅
欧阳倩的计划是先通过哈金斯用断指把李丽兰换出来，然后在程慈航审问断指得出结果时，自己抢先一步截获关于五九档案的消息。
欧阳倩故意准备拉着程慈航寻找断指，一是为了证明自己的清白，二是给哈金斯和莫采石谈判赢得时间。果然，莫采石得知哈金斯手中握有断指，让马副官和哈金斯密切合作，完全按照哈金斯的要求去办。
程慈航得知李丽兰被放出去的消息，急忙找莫采石质问原因。莫采石借口美国施加的压力极大，自己只好放人。这边，哈金斯为自己取得的双赢而洋洋得意。突然，洪爷打电话告诉哈金斯，断指其实就是跟着许老二盗走五九档案的那个徒弟。感觉上当的哈金斯准备以武力阻止锦线放人。哈金斯刚到尧化门就遭到不明身份人的袭击，他立即找莫采石兴师问罪。这时，马副官抱着伤臂来见莫采石，马副官也在这个地方遭到不明身份人的袭击。莫采石和哈金斯互相猜忌，这时，程慈航走过来推断哈金斯到尧化门是为了找断指。程慈航准备勘察现场弄清给哈金斯送情报的江湖人士的身份。马副官强调哈金斯纯粹是为了救李丽兰，他们都被哈金斯骗了。
众人都在猜测断指的生死，程慈航告诉欧阳倩在尧化门附近发现了断指的尸体。程慈航推断断指是被人枪杀之后，被人拉到此处想就地掩埋。案件分析会上，证明了程慈航的推断合情合理，程慈航继续推断杀害断指的凶手应该是警察厅内部人员。一时间，众人面面相觑，程慈航提出检查所有警员的配枪使用情况。欧阳倩第一个把用枪报告交给程慈航，程慈航虽然不再怀疑欧阳倩，但是他还是解释不清楚欧阳倩身上的诸多疑点。
程慈航决定到陆军医院查找马副官在此包扎的证据，刘振亮看到程慈航走进陆军医院，试探一番得知陆军医院不对外营业，刘振亮对程慈航的身份多了一份怀疑。程慈航回来就告诉莫采石杀害断指的是马副官。莫采石不愿意相信自己的得力手下回事内J，程慈航拿出确凿的证据让莫采石不得不相信马副官就是凶手。莫采石下令马上逮捕马副官。严达庆赶到马副官家里，结果扑了个空。程慈航认为五九档案一定在马副官手里，莫采石命令警员立即在全城通缉马副官，程慈航认为马副官只是一个执行者，他后面还有指使者。
成功脱逃的马副官得到神秘人物的指示，晚上到紫金山天宝城见面。夜色中，马副官拎着箱子匆匆赶往目的地。一处残垣中，一盏孤灯下，赫然站着的神秘人物竟然是莫采石。原来这一切都是莫采石精心布下的局，在五九档案失窃的傍晚，莫采石已经把五九档案换了出来，故意让许老二盗走了铁匣子，借以引起江湖混乱。
第24集剧情介绍：马副官饮弹自尽 程慈航搅乱局势
莫采石坚信，蒋委员长把如此重要的任务交给自己，手中的铁匣子一定是真正的五九档案。马副官告诉莫采石，自己已经把那个铁匣子藏在了程慈航家中的那个座钟里。莫采石告诉马副官，这个迷局真正的幕后指使者其实是蒋委员长。看到情深义重的莫采石难为痛苦的样子，马副官为了报答莫大哥的救命之恩，在莫采石走出院子不远，就饮弹自尽。
马副官的突然自杀，让程慈航又失去了先机，他实在想不明白马副官到底如何发现自己暴露，又是哪路神仙在兴风作浪。他不知道，莫采石为了完成委员长托付的使命，就算赔上再多人的生命，也在所不惜，唯一不希望程慈航介入太深。
杀害断指的凶手竟然是藏身警察厅的马副官，霍然幸灾乐祸地要给程慈航请功。莫采石为了洗清嫌疑，也要参加程慈航的庆功会。
马副官死后，刘阿常以为自己终于可以脱掉枷锁，走出梦靥。谁料莫采石找到他，让他继续盯住程慈航。刘阿常这才明白，马副官所做的一切都是莫厅长安排的。他知道在陆军中将莫采石面前，自己这个留用伪警察卑微得连颗尘土都算不上，他只有在这条不归路上继续走下去。
程慈航谎称自己已经找到了铁匣子，他让记者在报纸上大肆报道。各方势力都虎视眈眈，连马歇尔都被惊动，他让哈金斯到警察厅询问莫采石五九档案到底在哪里。
霍蜜儿苦追程慈航，终于得到双方家长的支持。她手捧鲜花来到程慈航办公室表示祝贺，程慈航对她还是爱理不理。霍蜜儿为了程慈航，也对五九档案开始感兴趣，她想让程慈航到中央博物院寻找线索。程慈航看到青铜馆附近戒备森严，知道要想从这里偷出五九档案简直比登天还难。霍蜜儿竟然不知天高地厚地答应帮他找到五九档案失窃那段时间的保安记录，程慈航劝她别卷入这个案子中来。霍蜜儿让程慈航请自己吃饭，才答应不跟着掺和。
程慈航和霍蜜儿亲密地走在一起，他看见欧阳倩伤心地跑开。欧阳倩明明爱着程慈航，却又不能表现出来，她内心满是纠结。突然，她看到几个无赖抢一个卖花小姑娘的钱，立即出手相救。看到娇艳的花朵，欧阳倩回忆起程慈航第一次给自己买花的情景，心中很是难过。程慈航匆匆赶来解释和霍蜜儿之间的关系，欧阳倩借口自己累了径直走回房间休息。回到房间的欧阳倩默默流泪，直到很久很久。
说者无意听者有心，霍蜜儿通过种种关系拿到尚部长的公函，拿着公函程慈航可以查任何一件文物。莫采石得知程慈航接连往中央博物院跑，正准备让刘阿常弄清程慈航手中公函的来源。这时，程慈航拿出中央博物院保卫处的记录，唯有一个人没有记录，因为他手持委员长侍从室的特别通行证，程慈航推测此人是马副官。心里明镜似的莫采石故作糊涂，程慈航把莫采石精心设计的迷局揣摩的一清二楚，不过不知道是莫采石而已。程慈航让莫采石帮助自己查查侍从室，莫采石以别伤害霍蜜儿为由拒绝。
莫采石的新任副官小孙不顾程慈航在场，急着向莫采石汇报五九档案的最新情况，莫采石连忙让孙副官把通报拿过来。程慈航这才解释自己谎称找到铁匣子的原因，只有让铁匣子动起来，才有机会找到线索。
一时间，关于铁匣子的消息满天飞，齐掌柜告诉欧阳倩利用警方，特别是程慈航的力量查找铁匣子的下落。
第25集剧情介绍：程慈航远赴芜湖 马歇尔座驾被盗
霍然看到程慈航屡建奇功，严达庆却一点都不争气，他对严达庆越来越失望。
欧阳倩故意把苏州出现铁匣子的消息告诉程慈航和莫采石，莫采石认为是江湖传言，不可轻举妄动。为了五九档案，执着的程慈航坚持前往苏州。莫采石为了争取更多的时间保护五九档案，他以侍从室的名义找到安徽警察厅周厅长，让他用公文把五九档案的消息报告到首都警察厅。堂堂陆军中将为了拖延程慈航办案，采用如此卑劣手段，莫采石真是有苦难言。
消息如此之乱，程慈航一时难辨真假，他准备亲自到安徽芜湖一趟。莫采石让他带上本组成员，看到程慈航终于进了圈套，莫采石露出难得的笑容。等程慈航离开南京之后，心力交瘁的莫采石亲自到程慈航家查看座钟下面的五九档案。莫采石不知道在程慈航凌厉的侦破中，这个秘密还能保持多久。
程慈航到了安徽，他和欧阳倩来到江流湾，程慈航顿时感觉江流湾似曾相识，江边吹奏的曲调也如此熟悉，他似乎回到了童年。程慈航不顾欧阳倩的劝阻，乘着竹筏、循着琴声想找到童年的记忆。一路走来，程慈航对童年的印象越发的深刻，欧阳倩借机对程慈航说自己也是战地孤儿，身上也有钢索穿过的伤痕。相同的身世，加上彼此深深地相爱，程慈航把欧阳倩紧紧抱在怀里。程慈航不知道的是，那弹奏曲子的正是锦线当家人物马太太和戚师伯，马太太此行准备把李丽兰带回南京。更不知道欧阳倩之所以苦苦劝阻是因为怕他发现这个内幕。
狡猾的中田根据报纸上的消息，断定有人在幕后策划，目的在于浑水摸鱼。中田要宫本在混乱的局势里保持清醒的头脑，坐收渔翁之利。
这边，莫采石催促严达庆找到刘振亮，同时让他负责政府欢迎马歇尔举行的宴会这一项重要的保卫任务。心力交瘁的莫采石找到上峰，想让蒋委员长尽早把五九档案从自己这里提走，却得知蒋委员长短期内没有动五九档案的打算。
政府举办的大型宴会拉开帷幕，名流政要粉墨登场。李丽兰假装是美国顾问团的要员，谎称自己的通行证丢了，让警卫人员通知哈金斯来接自己。哈金斯知道孰轻孰重，不同意李丽兰进入会场。李丽兰正和警卫争执，看到严达庆领着警察巡查至此，李丽兰连忙躲起来，严达庆看到安保任务即将完成很是兴奋。没想到，没过一会马歇尔的车被人从戒备森严的陆军司令部盗走。
如此失国体丢面子的事情让蒋委员长非常生气，他限期霍然和莫采石三天破案。霍然命令莫采石立即通报全国，并许诺凡是发现马歇尔车的警员，不论身份高低立即提拔成首席大侦探。心急如焚的霍然立即让莫采石通知芜湖警方，命令程慈航立即回到南京调查案件。谁知程慈航已经结束在芜湖的调查，转身到苏州去了。莫采石意识到程慈航是为五九档案而去，他急忙部署警力拦截程慈航。刁蛮任性的霍蜜儿也要跟着去找程慈航。地下党员关天平担心马歇尔车里调停中国内战的文件流落到外界，他不顾严达庆禁止单干的警告，暗地里查找马歇尔车的下落。
霍然和莫采石终于把程慈航这根救命稻草接到了首都警察厅，听到程慈航到现场勘查，抢功心切的严达庆恼羞成怒。
第26集剧情介绍：严达庆诬陷情敌 程慈航义释锦线
程慈航得知马歇尔失窃的那辆车两边分别停着的是尚部长和汤司令的车，他让霍蜜儿帮忙找尚部长的司机查问一下当日的情况。此时的霍蜜儿好像突然长大了，她和程慈航一起到国际饭店等尚部长的司机了解情况。在他们苦苦等待的时候，忽然一个酒鬼以霍蜜儿是他的媳妇为由，对霍蜜儿拉拉扯扯，程慈航赶忙把此人推开，把霍蜜儿揽在怀里。程慈航更想不到的是，还有人把这一幕照成了照片。原来，严达庆看程慈航风头正盛，他想通过这种卑鄙手段把程慈航整得身败名裂。
第二天报纸上就以“惊天大案未破，侦探夜夜笙歌”为题报道了这一丑闻，矛头直指程慈航。果然，霍然看到报纸后恼羞成怒，莫采石认为只要破了案子，一切都会烟消云散。程慈航不负众望，他根据尚部长司机的描述，画出罪犯的形象，盗车贼就是刘振亮。程慈航推断马歇尔的车应该还在南京，因为刘振亮要的是车里的档案，拿到东西后，刘振亮不会冒险把车开出去。此时的程慈航还认为刘振亮就是锦线的人，他找到锦线的合伙人哈金斯探听李丽兰的下落，哈金斯不愿卖主求荣。
时间紧急，程慈航只有揭开锦线的谜底。他让刘阿常替自己赴一个约会。刘阿常跟着程慈航这么长时间办案，他知道程慈航一旦开展两线作战，离胜利就不远了。刘阿常向莫采石汇报这个重要情况，莫采石指示刘阿常对锦线下手要狠。原来莫采石害怕程慈航和锦线有什么瓜葛，如果通过这件事让程慈航和锦线结怨，就会杜绝隐患。
马太太回到南京，劝欧阳倩不要怪闯祸的李丽兰，看到欧阳倩对程慈航用情极深，马太太答应放欧阳倩一条生路，可以和程慈航远走高飞，最多逐出师门。欧阳倩答应马太太自己心如止水，为了报答马太太的救命之恩，无论如何都不会离开马太太。欧阳倩重情重义，让马太太很是感动。
程慈航准备对同安苑展开搜捕，无意间看到欧阳倩的抽屉没有上锁，他发现抽屉里有锦线给欧阳倩的密令。欧阳倩回来发现自己的抽屉竟然忘了上锁，这时，她听到外面响起了脚步声，她赶忙躲了起来，隐隐听到刘阿常向程慈航传达莫采石剿灭同安苑的命令。欧阳倩赶忙通知齐掌柜让马太太撤离同安苑，然后赶上程慈航要求参加行动。她劝告程慈航，不能抓捕为社会做了很多善事的锦线成员，看到程慈航不愿改变主意，欧阳倩只得告诉程慈航，他也曾是锦线从日本人手中解救的孤儿。为了维护法制和公平，程慈航坚持自己的原则，硬起心肠说依然会对锦线进行抓捕。
齐掌柜匆匆赶到同安苑，劝说马太太马上撤离。马太太知道躲是躲不过的，她在大堂静等程慈航到来。警笛呼啸，程慈航命令警员把同安苑层层包围起来，欧阳倩看到这样安排，顿时心如死灰。程慈航安排手下不准惊扰孩子，然后进入同安苑大堂。马太太直呼其名，回忆了多年前救出程慈航的一幕幕。程慈航终于明白，马太太正是自己的救命恩人。马太太劝说程慈航如果放过锦线弟子，自己可以跟着程慈航回警察厅认罪服法。程慈航看到锦线寻找五九档案的目的是为了揭穿日本人的罪行，再说锦线对自己还有救命之恩。程慈航决定放锦线一马，他让马太太约束手下、离开南京，别再惹出刑事案件，否则自己也不好办了。同时，程慈航询问欧阳倩是否同为锦线救出的孤儿，生平从未撒谎的马太太为了保护欧阳倩，只好谎称锦线未曾救过欧阳倩。马太太的话在程慈航心中掀起了巨大的波澜，自己的所做的恶梦原来真的发生过，自己真是锦线收养的孤儿。唯一令他欣慰的是，欧阳倩和锦线没有关系。
严达庆得知程慈航赶往同安苑抓捕嫌犯，他害怕程慈航独居奇功，赶忙领着手下匆匆赶往同安苑。严达庆一到同安苑就急着抓人，程慈航谎称自己情报有误，听到这里，严达庆才幸灾乐祸地带人离开。一直心如死灰的欧阳倩好像死而复生，最惨烈的厮杀没有发生，她对自己和程慈航的未来有了一丝期待。
第27集剧情介绍：慈航围捕刘振亮 达庆抢功开黑枪
小飞知道程慈航重情重义，决心跟着程慈航。这天，他在街上遇到刘振亮，刘振亮让小飞给自己找个落脚之处，小飞得知刘振亮确实偷了马歇尔的车。
马太太兑现诺言，她准备离开南京到外地看病。欧阳倩赶去送行，马太太告诉欧阳倩，她在警察厅的身份没有暴露，欧阳倩如果愿意和程慈航比翼双飞，自己会成全他们，师徒依依惜别。欧阳倩回到警察厅，程慈航连忙为以前怀疑欧阳倩和锦线有关系向她真诚道歉。欧阳倩借机拿出锦线的通告帖，以从李丽兰身上搜出来的为由解释所谓的真相，告诉程慈航之所以没告诉他，是因为不愿看到李丽兰这样的女孩受苦。误会暂时消除，程慈航和欧阳倩缠缠绵绵拥在一起，这时，刘阿常进来报告刘振亮在夫子庙的消息。程慈航让刘阿常带些路障，准备拦截马歇尔那辆被盗的轿车。
程慈航坐在车里一言不发，没有人知道程慈航准备到哪里抓捕刘振亮，也不知道到哪里拦截马歇尔的车。刘猛发现严达庆的车一直跟在后面，程慈航让刘猛改变路线转向国府路甩掉严达庆。看到严达庆仍然一路跟随，程慈航让刘猛停车让严达庆先过去。看到严达庆也停了下来，程慈航质问严达庆的用意何在，严达庆强硬地命令程慈航带路抓人。程慈航害怕成事不足败事有余的严达庆坏了自己的计划，他掏出手枪把严达庆的车胎击破，然后，驱车直奔一处废弃的青楼前。程慈航让刘阿常带人进入青楼，自己则在后窗守候。刘阿常在布满灰尘的楼梯上发现有人走过的痕迹，就在准备围捕刘振亮时，一位警员一脚踩空，发出的声音引起了刘振亮的警觉。刘振亮赶紧拉起小飞跳窗而逃，程慈航看到后，让大家紧紧跟着，争取活捉刘振亮，得到马歇尔车的下落。这时，严达庆率人赶到，立即拔枪向刘振亮射击。程慈航看严达庆领着众人追捕刘振亮，带着刘阿常赶到到七里街洋货巷等刘振亮入瓮。果然不出程慈航所料，严达庆正四处寻找追丢的刘振亮，突然一辆轿车从草堆中直冲过来，车上的刘振亮得意地笑起来。看到严达庆等人被远远地甩在身后，刘振亮认为危机已过，这时，只见前面摆满了路障，程慈航领着一干警察严阵以待。刘振亮孤注一掷，让小飞加大油门冲过去。意外发生了，小飞一把夺过刘振亮的手枪跳下车逼他投降，原来，程慈航答应保护小飞。这时，刘振亮才知道自己想要结拜的周亢竟然是侦探程慈航。
就在程慈航要抓捕刘振亮，把小飞放走时，严达庆匆匆赶到。急于立功的陪都之鹰严达庆急忙让手下抓住刘振亮，且不听程慈航的劝告，坚持要把小飞带走。小飞见势不妙慌忙逃跑，严达庆开枪将其击毙。程慈航怒不可遏，挥拳直向严达庆，严达庆诬陷程慈航勾结黑道、图谋不轨、殴打长官。他下令抓捕程慈航，没想到手下没人愿意动手。程慈航提醒严达庆别让刘振亮跑了。
刘振亮毕竟经受过日本特工训练，他假装胸口疼倒在地上，趁机捡起一截铁丝偷偷打开手铐。等车行至河边，剧烈颠簸之时，刘振亮抢过警员手中的枪夺路而逃。程慈航和严达庆发现刘振亮逃脱，急忙率众追赶。刘振亮逃到河边负隅顽抗，程慈航开枪射杀刘振亮。眼看功劳又被程慈航夺去，严达庆恶从胆边生，开枪击倒程慈航。
程慈航躺在医院里，生命危在旦夕。欧阳倩多想告诉程慈航，她是那么爱他。而此时，欧阳倩能做的只是祈祷程慈航能够醒过来。经过抢救，程慈航已无生命危险，但是昏迷中的他一直喊着倩倩的名字。
专车失窃案成功告破，霍然再次把功劳算到了爱徒严达庆头上，严达庆成功当选首席大侦探。这边，中田为失去宫本这样的下属惋惜不已，同时，他还抱有一丝希望，争取活要见人死要见尸。
戚玉芳接到外出归来的父亲戚成祖，父女二人救起躺在岸边昏迷中的刘振亮。
第28集剧情介绍：蜜儿报复严达庆 丽兰劝说程慈航
欧阳倩精心服侍程慈航，直到他从昏迷中醒来。经历这般生离死别，二人互诉衷肠。这时，霍蜜儿匆匆赶到，她对程慈航的关切之情让欧阳倩深深体会到，自己和霍蜜儿的差距到底有多大，她知道自己不可能像霍蜜儿那样专注用情，欧阳倩顿时心乱如麻。霍蜜儿得知是严达庆击伤程慈航，怒气冲冲地要到警察厅找严达庆算账，程慈航让欧阳倩赶紧跟去。
霍蜜儿来到警察厅，抢过警员手中的枪，冲进严达庆办公室，扣动扳机，连开数枪，严达庆狼狈地东躲西藏。匆匆赶来的欧阳倩制伏霍蜜儿，严达庆才躲过一劫。霍然正为严达庆取得的成绩沾沾自喜，谁料霍蜜儿告诉他，严达庆为了抢功竟然对程慈航背后开黑枪。
侄子程慈航受伤，莫采石亲自到医院送鸡汤，他仔细询问欧阳倩当时的情景。回到警察厅，莫采石立即让严达庆到办公室。首席大侦探严达庆兴冲冲地来到厅长办公室，看到莫采石拔出手枪，乌黑的枪口让严达庆立即跪在地上，他谎称自己是误伤程慈航。莫采石执意惩罚严达庆，严达庆赶紧表述忠心。莫采石警告严达庆，从今往后程慈航有什么闪失都是他的责任。莫采石对严达庆轻描淡写的处理，让警员们为程慈航感到不平，关天平到医院代表大家看望程慈航，表明这种态度。程慈航对关天平却是不冷不热，原来程慈航怀疑关天平背后大有文章。
霍然得知警员们写信到内务部控告严达庆，他想探听莫采石的意见。莫采石为了大局，同意将错就错维护总署的正面形象。作为条件，莫采石让霍然把程慈航调到中央警校工作。莫采石的如意算盘是通过调动工作，让程慈航远离五九档案，同时促成程慈航和霍蜜儿的婚事。
霍然回到家，一副老顽童的形象，哄骗霍蜜儿吃饭后去见程慈航。绝食几天的霍蜜儿顾不上吃饭，匆匆往医院跑去。霍蜜儿来到医院，看到程慈航正为调动工作的事情和莫采石吵得不可开交。莫采石找到欧阳倩，他以程慈航叔叔的身份和欧阳倩谈程慈航和霍蜜儿的感情问题。莫采石看到欧阳倩不愿意放弃这段感情，他借口进入莫家的每个人都要调查清楚出身和背景，逼迫欧阳倩放弃和程慈航之间的关系。
经过戚玉芳父女的精心调养，刘振亮渐渐苏醒过来，他听到戚成祖要到外地看望病重的马太太。戚成祖见到师妹，发现莫太太已经病入膏肓。戚成祖认为马太太都是因锦线事务劳累所致，他想让程慈航回到锦线帮助马太太。李丽兰在外面一直偷听，她决定劝程慈航回到锦线。
李丽兰不约而至，大出程慈航所料，面对李丽兰的要求，程慈航认为很是荒唐，他根本不屑与江湖人士为伍。
第29集剧情介绍：中田得到档案 各方齐聚常熟
霍蜜儿看到自己和程慈航的关系得到莫采石的首肯，她俨然以家庭主妇自居。这天，她发现座钟坏了，赶忙以孔二小姐的名义把座钟运到钟表行修理。这个钟表行的老板恰好就是莫采石原来找的王老板，他发现这个座钟比原来重了不少。王老板把座钟修好后，迟迟不见霍蜜儿来取，他发现座钟底部的螺丝没上好，让伙计把螺丝上好，伙计发现底座有东西。老板把所有人支开后发现，座钟底部藏着的铁匣子竟然贴有中央博物院的封条，仔细辨认后确认是五九档案。货找买家，王老板为发横财，把五九档案卖给了觊觎已久的小野。
严达庆迫于压力，在霍然的示意下，带着记者到医院澄清事实，以误伤程慈航为由向他表示歉意。霍然和莫采石举行记者招待会，代表官方表明态度：撤销严达庆的所有奖励，并给予警告处分；授予程慈航首席独立大侦探的荣誉称号。
莫采石接到卫兵的电话，座钟不见了！莫采石认为最安全的地方却出现了意外，他不能坐以待毙。莫采石准备不惜一切代价追回五九档案，他命令特勤人员全面搜查五九档案，同时让刘阿常在江湖上撒开大网，尽早找到铁匣子，并对所有知情者杀之灭口。莫采石到医院询问程慈航是否知道座钟的下落，程慈航一头雾水。了解情况后，程慈航判断这事应该是霍蜜儿干的。莫采石弄清情况，领着刘阿常赶到钟表行，他还是晚了一步，王老板和所有员工全部被杀害。久经沙场的莫采石面对日本人的刺刀都不胆怯，这一次真的慌了。莫采石让刘阿常动员一切力量找到五九档案，只是不敢告诉程慈航，他害怕程慈航侦破案件。
案发现场，严达庆一筹莫展。
这边，欧阳倩偷偷溜进档案室刚刚找到常熟警方发过来的文件，刘阿常就拿着莫采石的手令让管理员来找这份文件。管理员看到满屋狼藉的东西，怀疑有人进来过，他怎么也找不到莫采石所要的文件。欧阳倩看形势危急，赶忙把手中的文件悄悄扔到柜子下，刘阿常发现柜子下面的文件才离开。欧阳倩早就紧张得一身冷汗。
常熟警方怀疑日本人准备通过海运大王陈海把铁匣子运回日本，莫采石让刘阿常抓紧时间查陈海的背景。同时，欧阳倩也把这个消息告诉李丽兰，让锦线弟子也抓紧时间调查陈海，李丽兰建议欧阳倩把此事转告程慈航。程慈航质问莫采石五九档案的情况，准备到常熟调查五九档案的线索，莫采石最终采用折中方案，同意派欧阳倩到常熟调查。
刘阿常调查得知，陈海的海运公司有国际背景，官方调查不可能会有进展，只有找陈海的儿子陈如骏这个花花公子打开突破口。刘阿常调查得知，和陈如骏私会的姑娘叫美晴，是金融大员吴其祥的姨太太。莫采石准备借此重新布局，转移公众注意力。莫采石指示严达庆跟着吴其祥到常熟调查陈如骏。这样，警方派出的欧阳倩，跟随吴其祥的严达庆，还有马太太和李丽兰，三路人马为了同一个目的齐奔常熟。
常熟这块宝地即将热闹起来。陈如骏和美晴还若无其事地逛街消遣。李丽兰看到严达庆现身常熟街头，她告诉马太太，首都警察厅刑侦处处长严达庆也赶到了常熟。马太太让李丽兰惊扰一下吴其祥，让陈如骏引起警惕。果然，美晴看到吴其祥来到常熟，慌忙过来拉住吴其祥，李丽兰劝美晴看好自己男人，吴其祥有苦难言。随后来到的欧阳倩谎称陈如骏想做什么和五九档案无关，她让刘阿常抓紧时间查陈海的航运路线。
情思难耐的陈如骏不顾吴其祥已经回来，打电话到吴其祥家约美晴。吴其祥不让美晴接电话，他谎称自己第二天要到杭州。
第30集剧情介绍：莫采石指示抓慈航
莫采石秘密来到常熟，找到黄埔军校的老同学——常熟警察厅田厅长，莫采石得知刘阿常的住处后，电话询问刘阿常工作进展。刘阿常告诉莫采石，欧阳倩对任务执行不够积极，莫采石安排刘阿长先按欧阳倩的意思来办。随后，莫采石告诉田厅长，五九档案已经落到日本人手中，他拿出自己精心制作的五九档案赝品，告诉田厅长自己的计划。
关天平发现警察厅的重量级人物都赶往常熟，他意识到五九档案一定在常熟，他让自己的同志方捷赶到常熟。同时，关天平把这个消息告诉了即将出院的程慈航。程慈航早就认为关天平背景复杂，谎称自己要等厅长回来再做决定。骗过霍蜜儿和关天平，程慈航坐车直奔常熟而来。莫采石得知程慈航昼夜兼程赶往常熟，安排严达庆等人一旦发现程慈航行踪，立即向自己报告。为了保险起见，莫采石让孙副官把程慈航挡在常熟之外。程慈航发现路边禁行的警示牌是有人故意放置，让司机按原路行驶，识破骗局的程慈航顺利到达常熟。
关天平的同志方捷一直以锦线常熟堂口弟子的身份活动。马太太认为此时还没有必要动用常熟的锦线弟子，她让齐掌柜密切盯住吴其祥，单等严达庆捉J。
这边，美晴也按捺不住对陈如骏的思念，一心只想套出吴其祥的时间安排。吴其祥看到美晴魂不守舍地敷衍自己，以任务繁重为由，欺骗美晴自己要立即赶往杭州。堂堂财政部专员竟然被戴了绿帽子，吴其祥恼羞成怒，他让严达庆立即行动，把陈如骏和美晴捉拿归案，让陈如骏倾家荡产。
美晴等吴其祥走后，马上就给陈如骏电话，欲火难耐的陈如骏立即要和美晴在老地方见面。青天白日、朗朗乾坤，陈如骏和美晴肆无忌惮地在街上勾肩搭背，程慈航看见街上的欧阳倩，他不想和欧阳倩打招呼。旁边的李丽兰误以为程慈航在跟踪欧阳倩，马太太用镜子反的光提醒欧阳倩，欧阳倩转身朝程慈航走去。欧阳倩质问程慈航为何跟踪自己，借口自己有重要的事情，把程慈航支开。情况有变，马太太让欧阳倩退出行动，她让李丽兰把美晴手中的包换过来。李丽兰趁着陈如骏给美晴买花的工夫，神不知鬼不觉地把美晴的包给换了过来。陈如骏进入房间急不可耐就要亲热缠绵，突然，外面响起了敲门声。美晴壮着胆子打开房门，马太太要换回自己的包。美晴看到马太太包中的潜伏证，意识到马太太是军统的人。
退出行动的欧阳倩告诉刘阿常，程慈航已经到了常熟，现在正待在常熟路的巴黎咖啡厅。刘阿常马上告诉莫采石，莫采石得知程慈航到了常熟，非常生气，他告诉田厅长，原来让他找的程慈航已经到了常熟，莫采石让田厅长派人把程慈航先抓起来。
胜券在握的严达庆领着申江晚报和大公报的记者来到酒店捉J。齐掌柜看到严达庆已到，连忙通知马太太。美晴和陈如骏云雨过后，正躺在一起，听到和自己有过一面之缘的军统成员前来敲门，惊恐不已。马太太告知美晴，吴其祥前来捉J，马太太让李丽兰代替美晴。严达庆兴冲冲地踹开房门，吴其祥对着床上的男女一通猛打。他们没想到的是，躺在床上的女人变成了另外一个，这时，方捷假装军统第一干将方将军手持配枪要为妻子出气，严达庆偷鸡不成蚀把米，匆忙离开。
惊魂未定的美晴和陈如骏对马太太感激不尽，马太太谎称要找陈如骏的父亲陈海调查一批货物处境情况。陈如骏看到军统要调查海运公司，答应第二天一早查看近期去日本的货物情况。陈如骏拿来近一月开往日本的货船计划，马太太发现中田托运货物的青丸号已经出海。
吴其祥找莫采石抱怨严达庆办事不力，害得自己丢人破财，还差点死在军统手下，莫采石仔细询问后发现疑点。莫采石意识到这些军统一定是假的，高人出手，一定会发生大事。
被关起来的程慈航苦求无果，他只好打开手铐，以口渴为由喊来警员，逼着他打开门。程慈航打电话到霍然家，霍蜜儿接到电话，得知情况后立即赶往常熟。莫采石故作生气，把这班警察训斥一通。
第31集剧情介绍：莫采石老谋深算 中田贼失去档案
李丽兰告诉欧阳倩，陈如骏已经让青丸号返航，再过几个小时，常熟所有锦线弟子将要参加大行动。
青丸号返航，莫采石发现情况异常，他命令刘阿常秘密调查青丸号的动向，同时注意欧阳倩的情况。这时，常熟军统站的滕奎星奉上峰之命找莫采石报到，莫采石把五九档案赝品交给了滕奎星。
这边，小野赶紧把青丸号返航的情况告诉中田，中田命令日本所有特工赶往青丸号停泊的青浦码头抢夺五九档案。陈如骏按照马太太的要求，把拉着日本货的卡车开到指定地点，马太太急忙让弟子上车搜查。李丽兰等人刚刚找到五九档案，发现日本特工已经追了过来。锦线弟子掩护马太太撤离，伤亡惨重。马太太准备验证五九档案后，把五九档案交给远东军事法庭，锦线就可以功成身退。关键时刻，日本特工闻风而至，过来抢夺五九档案。马太太带病抵御敌人，身受重伤。甩开日本特工，马太太让人打开铁匣子，发现里面放的竟然是考试试卷。欧阳倩怀疑档案被人掉包。
事实果真如此，原来，莫采石通过滕奎星让陈海把五九档案偷偷换了过来。莫采石设宴感谢陈海父子，中间借机离开。滕奎星继续和陈海父子饮酒，下药毒死了陈氏父子。螳螂捕蝉黄雀在后，莫采石回来以滕奎星采用方式不当为由将其击毙。五九档案重回莫采石手中。
莫采石得知江湖人士为五九档案展开混战，他庆幸自己再一次抢得先机，但他内心的罪恶感越发深重，他不知道这份煎熬还要到什么时候。
程慈航告诉从南京赶过来的霍蜜儿，自己的行踪可能是欧阳倩透露的。程慈航久等欧阳倩不至，让刘阿常带自己找欧阳倩。刘阿常告诉程慈航，欧阳倩从未提过他到了常熟，再看欧阳倩一直没有回来。程慈航意识到欧阳倩一直在欺骗自己，只不过程慈航不知道这种欺骗是何种性质，程慈航感觉自己的心冰凉冰凉的。
费尽千辛万苦，找到的竟然是假的五九档案，马太太很是失望，这时，又得知锦线在常熟的堂口被人袭击。马太太口吐鲜血，她让李丽兰和齐掌柜把铁匣子交给哈金斯，同时，让欧阳倩放下感情接手锦线。为了帮欧阳倩证明清白，同时断了程慈航的念想，方捷假装欧阳倩的男朋友陪同欧阳倩回到住处。方捷看到程慈航纠缠不休，为了把戏演得更真，他让手下痛殴程慈航。肉体的疼痛对于程慈航来说还不算什么，欧阳倩的冷酷像把尖刀扎进他的心窝。
找到五九档案，莫采石立即返回南京，他要给五九档案找个安全的地方。这边，中田命令小野不惜一切代价抢回五九档案。
第32集剧情介绍：五九档案真假难辨 程慈航设法护锦线
回到南京，程慈航一次次想用真诚打动欧阳倩，欧阳倩看到程慈航纠缠不休，违心地说方捷确实是自己男朋友。这个结果可以解释欧阳倩的反常，但这个最坏的结果让程慈航陷入绝望。
锦线还没来得及把假五九档案这个烫手山芋扔给哈金斯，中田派出的特工就盯上了齐掌柜的健康药店。从外面回来的李丽兰和齐掌柜发现有人在健康药店设伏之后，李丽兰为了保护更多的锦线弟子不受伤害，坚持要拿回锦线的秘密文件。经过一番激烈的搏斗，李丽兰和齐掌柜杀死敌人，匆忙中的李丽兰害怕文件有所遗漏，一把火烧了健康药店。
绝望的程慈航只好用查找五九档案来麻醉自己，他找莫采石询问五九档案的消息。莫采石以长者的姿态劝程慈航，欧阳倩不值得他继续爱下去，霍蜜儿才是他最合适的伴侣。这时，严达庆来报告锦线堂口发生凶杀案。程慈航决定利用首席大侦探的权力，把锦线弟子全部逮捕，以此达到保护锦线的目的。程慈航周身弥漫出来的煞气，让本已心情平静的莫采石心神惶恐不已。
李丽兰发现连警方都对锦线下手，她让齐掌柜离开南京找马太太告知情况，自己要找哈金斯，把这个烫手山芋扔给美国人。李丽兰以五九档案会给锦线带来祸端为由要把五九档案交给哈金斯，哈金斯以为捡了个大便宜，他答应李丽兰，自己会向中国政府发外交照会针对锦线问题提出抗议。哈金斯刚从中央储备银行取出铁匣子，就遭到不明身份人的袭击。程慈航认为歹徒一定是为五九档案而来，他要立即找哈金斯问个清楚。国际饭店，上当受骗的哈金斯在程慈航面前假装糊涂，他告诉程慈航，袭击自己的应该是锦线弟子，督促程慈航对锦线展开抓捕。哈金斯漏洞百出的话让程慈航不知道是否应该对付马太太。
话说包子店老板看到报纸上大肆报道五九档案的消息，这才想起老乞丐交给自己的铁匣子，他翻箱倒柜找到之后，和报纸上的图片一比较，确认就是在江湖上引起血雨腥风的五九档案，包子店老板欣喜万分。五九档案重现江湖，齐掌柜准备告诉马太太这一消息，筹钱购买。行色匆匆的齐掌柜遭到警察的追捕，欧阳倩及时把她救下，安排齐掌柜走相对安全的水路。
程慈航仔细回忆欧阳倩在处理锦线问题上的种种可疑之处，他决定赶往江流湾探明真相。
江流湾，宫本在戚玉芳的精心照料下，已经痊愈。不明就里的戚玉芳误以为这个姓杨的真是军官，面对宫本的甜言蜜语，戚玉芳邀请宫本陪自己到江北逛庙会。
江湖上的骚动引起南京城的混乱，霍然告诉莫采石，蒋委员长对此非常生气，警察厅难辞其咎。关于五九档案的消息众多，一时真假难辨，莫采石赶忙进入卧室查看自己放在保险柜里的五九档案。
欧阳倩看到程慈航一身杀气直奔江流湾而去，她要不惜一切代价阻止程慈航抓到马太太，她赶到江边把马太太从半路截了下来。马太太决定从陆路进入戚家庄和戚成祖汇合。戚成祖亲自到码头迎接马太太，他看到程慈航领着一干警察对旅客进行搜查。程慈航发现戚成祖形迹可疑，让手下上前盘问。戚成祖谎称自己是江东村的王勇，对江东村情况很熟悉的警察让戚成祖到警察厅证明身份，锦线弟子刘三掩护戚成祖逃跑时被抓。这时，欧阳倩和关天平赶来支援程慈航，程慈航让欧阳倩帮助自己查找锦线的秘密基地，他告诉欧阳倩，要把锦线所有成员抓捕归案。不明白程慈航良苦用心的欧阳倩谴责他忘恩负义，程慈航只好把自己真实的目的告诉欧阳倩。
得到五九档案赝品的哈金斯被江湖人士骚扰得没有办法，他要求莫采石代表中国政府官方召开新闻发布会澄清真相。
第33集剧情介绍：锦线买到真档案 采石不念战友情
关天平告知程慈航，哈金斯在警察厅召开新闻发布会，向公众表明已经找到铁匣子，但是，里面没有五九档案。
程慈航公开搜捕锦线弟子，戚成祖也险些被捕，他告诉刚刚来到戚家庄的马太太，程慈航现在是锦线的头号敌人，锦线要集中力量对付程慈航。马太太以程慈航是锦线收养过的孩子为由拒绝戚成祖的要求。戚成祖认为李丽兰等人难当大任，只有程慈航回归锦线，马太太才能安心养病。他准备劝程慈航回到锦线重振大业。
程慈航回到南京，告诉莫采石现在没有任何门派敢于出手找另外一只铁匣子，警方要抓紧行动。这边，对五九档案毫无线索的中田发现宫本竟然跑了回来。中田对宫本找到五九档案寄予厚望。宫本告诉中田，救自己的人家也许是找到五九档案的一条线索。
戚成祖从包子铺老板那儿花重金买来了五九档案，把铁匣子藏了起来，然后到南京找程慈航。这一切都被宫本看在眼里。
莫采石发现霍蜜儿和程慈航在一起亲密的样子，又趁机劝程慈航接受霍蜜儿为未婚妻，不能找欧阳倩那样不忠于爱情的女孩。程慈航百无聊赖，赶往警察厅上班，戚成祖冒充程慈航的亲戚找到他。程慈航看到所谓的亲戚竟然是在江流湾码头没有捉到的那个锦线头目。戚成祖告诉程慈航，他是锦线救过养大的孤儿，论辈分程慈航该喊自己师伯，戚成祖劝程慈航认祖归宗。莫采石看到站在路边的戚成祖和程慈航在谈论什么，他默不作声地回到警察厅，让刘阿常分分秒秒盯着程慈航。这边，程慈航根本不愿跟戚成祖回锦线，转身愤而离开。
李丽兰告诉欧阳倩，戚成祖已经找程慈航摊牌，让程慈航回锦线主持大局。欧阳倩深知程慈航脾气，她为程慈航感到深深的担心。
戚成祖再次到程慈航家找到程慈航，戚成祖回忆起从日本人手中救出程慈航以及交给莫采石的经过。程慈航答应戚成祖，从今往后不再为难锦线。戚成祖看到程慈航态度有所转变，又逼着程慈航到锦线主持大局。这时，莫采石接到刘阿常的报告，匆匆赶到。莫采石和戚成祖这两个曾经一起出生入死的战友，言语不和，大声争吵。莫采石看戚成祖一意孤行，让卫兵把戚成祖抓起来，程慈航赶忙假装答应戚成祖，劝他离开。
第34集剧情介绍：宫本狠心杀恩人 戚家惨遭灭满门
莫采石答应程慈航，只要锦线的人不伤害他，自己就不会难为锦线的人。莫采石告诉程慈航，程慈航作为党国栋梁程国栋的后代，作为自己精心培养的首席大侦探，任何人都不能给他抹黑。
戚成祖看自己以性命为代价唤醒程慈航的计划落空。他准备孤注一掷，公布程慈航的身份，毁了程慈航大侦探的前途，以此激怒莫采石对自己下手。戚成祖不知道，此时的程慈航心力交瘁、束手无策，程慈航感激锦线对于自己的恩情，但是他的志向在于从事职业侦探这个行业。
刘阿常带人跟踪戚成祖，戚成祖感觉情况不对，他让李丽兰先走，然后把几个警员击毙，要找莫采石和程慈航算账。怒气冲冲的戚成祖在街头遇到程慈航和欧阳倩，李丽兰连忙替程慈航开脱。程慈航劝戚成祖别那么冲动，自己去找莫采石问个清楚。莫采石谎称自己让刘阿常暗算戚成祖是为了帮程慈航解决痛苦，程慈航第一次和莫采石大声顶撞起来。
欧阳倩得知戚成祖把五九档案放在家里，很是担心。戚成祖想想也很后怕，他抓紧时间返回江流湾戚家庄。
戚家庄，宫本借口皮衣上有个洞，他骗戚玉芳给自己缝补一下。支开小芳后，宫本砸开地窖的门，翻出五九档案。戚玉芳发现自己所谓的杨大哥拿着铁匣子，一把抢了回来。宫本恼羞成怒，把自己的救命恩人戚玉芳活活掐死。戚成祖回来发现宫本急着离开，看到小芳被宫本杀害，要找宫本算账。宫本害怕事情败露，一不做二不休，把戚成祖也给杀了，然后火烧戚家，匆忙逃离。
程慈航得知江流湾发生灭门惨案，准备到江流湾一探究竟。严达庆让程慈航按程序办事，程慈航答应取消行动。原来，程慈航害怕此案和锦线有关，他准备自己悄悄到江流湾查清真相。现场，程慈航和欧阳倩发现死者是戚师伯和戚玉芳，欧阳倩伤心地哭了起来，程慈航决定要查清事实真相。常熟警方拿过来刘振亮的那件皮衣，程慈航看到皮衣上的弹孔，知道刘振亮到过此处。程慈航发现地窖，进入发现散落的珠宝，他推测刘振亮是见财起意杀人灭口。程慈航看到地窖中藏着的锦线档案，他终于确定欧阳倩就是锦线在警察厅的卧底，同时也是自己青梅竹马的玩伴。
这边，马太太得知戚成祖被害的消息，一下子病倒在床上。
程慈航告诉莫采石，戚成祖已经遇害，凶手正是刘振亮，莫采石下令全国通缉刘振亮。
第35集剧情介绍：日本特工内讧 锦线掌门归西
莫采石听闻戚成祖遇害，假惺惺地要到戚成祖坟上祭拜。莫采石劝告程慈航，戚成祖遇害也许会让程慈航免于两难的境地，不必再左右为难。
马太太生命垂危，她不允许李丽兰到戚家庄祭拜戚成祖，他让方捷到南京把欧阳倩和程慈航请过来。戚家庄地窖之后，程慈航认为欧阳倩和自己都是锦线弟子，他不明白欧阳倩还有什么药隐瞒自己。欧阳倩借机劝程慈航回归锦线，她也知道这对程慈航来说很难，因为程慈航和锦线不是一路人。这时，方捷受马太太之托来请欧阳倩，欧阳倩让方捷抱着自己，再次做样子给程慈航看，欧阳倩想借此让程慈航断了对自己的念头。看着欧阳倩远去的背影，程慈航心中五味杂陈。
宫本拿到五九档案之后，急忙到中田藏身之所。就在他准备敲门而入，无意听到中田说在拿到五九档案之后杀他灭口。宫本赶忙离开这个是非之地，他要想个万无一失的办法。
宫本以手中握着的五九档案为条件，向中田提出一手交钱一手交货的要求。中田指责宫本忘了自己的军人身份，用枪顶着宫本的脑门。宫本算准了中田在拿到五九档案之前，不会杀害自己。中田无计可施，只得让人跟着宫本验货。宫本一路领着日本特工知道警察厅门口，他谎称五九档案就藏在警察厅，要司机把车开进警察厅。宫本瞅准时机，突然跳下车，边跑边喊，让门口的警察抓日本特务。眼见中田派来的人全部被抓，躲在一边的宫本露出得意的笑容。
莫采石得知日本特工竟然敢闯警察厅，很是震惊，他让严达庆严加审问。严达庆告诉莫采石，两个特工承认五九档案可能在刘振亮手中。莫采石让严达庆全权负责抓捕刘振亮，不让程慈航参与。
程慈航正为不能参与五九档案调查而伤心，莫采石让霍蜜儿过来安慰程慈航。回到家里，霍蜜儿问程慈航和江流湾那个遇害者戚成祖的关系，程慈航告诉霍蜜儿，戚成祖是自己的救命恩人，没办好这个案子，自己心中有愧。心中痛苦的程慈航一杯接着一杯的喝酒，一会儿就醉得人事不省。霍然看到女儿深夜不归，打电话给莫采石询问情况，莫采石让霍然给两个年轻人一个联络感情的机会。
第二天，程慈航头昏脑涨地起来，看到霍蜜儿躺在沙发上，怜惜之情油然而生。霍蜜儿夜不归宿，霍然勃然大怒，他催促莫采石把这两个孩子的婚事定下来。
欧阳倩借口程慈航工作繁忙不能赶过来，马太太坚持认为，必须由锦线弟子找到杀害戚成祖的凶手，此时此刻，马太太要逼程慈航回到锦线接受会长之职。欧阳倩知道这样会让程慈航为难，她恳求马太太把锦线会长交给自己暂时代理。马太太告诉欧阳倩，锦线历代会长都得终身不嫁。欧阳倩为了程慈航，心甘情愿勇挑会长重担，她不惜自己终生受苦。
马太太大限将至，这时，院内昙花怒放。汲取天地灵气的昙花，不沾人间烟火，在短短的瞬间绽放出最美的生命之光。这昙花不正是马太太的真实写照吗？马太太临终前召集锦线大小堂主，宣布欧阳倩接任锦线会长之职，并让欧阳倩在锦线收养孤儿名录上把程慈航名字删去。仪式结束，马太太溘然长逝。
欧阳倩此行处理锦线事务，连续几天没回警察厅。严达庆让关天平问程慈航欧阳倩的动向，关天平借机劝程慈航为天下苍生多做有益的事情。
第36集剧情介绍：达庆欲除程慈航 欧阳加入顾问团
程慈航告诉关天平，警察厅渗透了各方势力，还是莫谈国事为好。关天平认为程慈航关心五九档案，代表的是正义势力，有意无意地向程慈航透露，日本特工好像和五九档案有关系。程慈航面对警察厅高深莫测的人际关系，不得不打起精神来对付。
程慈航找严达庆询问这两个特工的情况，严达庆谎称已经把人移交给了军统。程慈航面对严达庆闪烁其词的回答，决定找莫采石问清究竟。莫采石了解到程慈航正在寻找刘振亮的下落，提醒程慈航在暗流涌动的警察厅要小心从事，对程慈航提出的日本特工问题，莫采石更是不做回答，他要程慈航向旁边的严达庆学习。同时，莫采石让程慈航到办公室谈谈和霍蜜儿的婚事问题，严达庆气得立即变了脸色。
严达庆认为程慈航妨碍了自己做霍然的乘龙快婿，他决定铲除程慈航扫清障碍。严达庆早就注意到程慈航和锦线关系密切，他想从行踪神秘的欧阳倩入手弄清程慈航和锦线的关系。听到严达庆要调查自己的背景，欧阳倩要求见程慈航一面。欧阳倩从严达庆的眼神中读出了危机，甚至程慈航都救不了她，欧阳倩唯一的护身符只能是不断向她示好的美国人哈金斯。欧阳倩离开警察厅，直奔国际饭店找哈金斯谈入伙美国顾问团的条件。
霍蜜儿来警察厅邀请程慈航到家做客，程慈航因为欧阳倩的关系，不愿意跟着霍蜜儿去霍家。霍蜜儿一心替程慈航着想，她不愿意让程慈航受一丁点委屈，不顾莫采石的劝解，让程慈航陪着自己散心。不知不觉，他们来到了国际饭店。
欧阳倩看到程慈航和霍蜜儿在一起，以不想见程慈航为由匆匆离开。哈金斯告诉程慈航，欧阳倩刚走。程慈航敏感地觉察到，欧阳倩不仅是锦线弟子，还有可能是美国人的眼线。霍蜜儿看到神情恍惚的程慈航，她知道程慈航对欧阳倩用情极深。看到霍蜜儿伤心难过的样子，程慈航连忙安慰这个为自己改变太多太多的女孩。霍蜜儿看到程慈航认可自己的努力，激动地扑到他的怀里。欧阳倩看到霍蜜儿小鸟依人般地偎依在程慈航的怀里，饶是锦线会长的她也控制不住喷涌而出的眼泪。
为了离开警察厅这个伤心的地方，更为了保护自己，找好下家的欧阳倩准备从警察厅辞职。严达庆看到收拾东西的欧阳倩，以保密为由要查扣欧阳倩的所有东西。欧阳倩和严达庆激烈的争吵把路过的程慈航引了过来，程慈航帮欧阳倩求情未果，严达庆要和程慈航找莫采石评理。程慈航借口再问欧阳倩几个私人问题，支开严达庆，程慈航询问欧阳倩是否有重要物品交由自己保管。欧阳倩正在犹豫，严达庆推门而入，他命令手下看住欧阳倩。刘阿常等几个老警察知道欧阳倩和程慈航的关系，这时，关天平过来帮欧阳倩打掩护，欧阳倩把锦线的相册交给关天平保管。关天平前脚刚刚离开，严达庆后脚就到，他让手下彻底搜查包括程慈航办公桌内的所有物品。欧阳倩这才明白，严达庆对付的是程慈航。一无所获的严达庆让手下扣押欧阳倩的所有物品。来接欧阳倩到美国顾问团的哈金斯看不惯严达庆这般毫无绅士风度的粗暴行为，他冲着严达庆就是一记重拳。严达庆看到惹不起哈金斯，更惹不起美国顾问团，他只好乖乖地把欧阳倩的物品搬到哈金斯车上。程慈航目送欧阳倩离开警察厅。
第37集剧情介绍：李丽兰绑架程慈航 订婚宴平地起风波
欧阳倩看到站在警察厅门口的程慈航，她反身走向程慈航，面对程慈航的质问，欧阳倩默认自己就是美国人的卧底，同时告诉程慈航，从今往后，他和锦线一刀两断。这时，伤心的程慈航看到关天平相册还给欧阳倩，程慈航实在弄不明白关天平到底是什么身份。
欧阳倩被哈金斯接走，美国竟然把卧底安排到了警察厅莫采石恼羞成怒，他暗示严达庆帮助程慈航开脱。作为条件，他答应严达庆彻查刑侦处每位警员。现在的莫采石只有一个想法，那就是把程慈航的生活搅乱，让他无暇顾及对五九档案的侦破，让五九档案尽量安全。
程慈航回到办公室发现一片狼藉，正忙着帮助收拾现场的关天平以欧阳倩离开为由要跟着程慈航查案。程慈航拒绝了这位神秘的地下党员的要求。
程慈航为欧阳倩始终不对自己说实话而难过，霍蜜儿在一旁极尽安慰之词，同时告诉程慈航双方家长都想尽早订婚。面对单纯痴情的霍蜜儿，程慈航只有答应及早订婚。程慈航告诉莫采石这个消息，莫采石自然同意。听闻程慈航将在周末订婚，李丽兰为欧阳倩鸣不平，她准备找程慈航算账。欧阳倩虽然因程慈航订婚难过，但这是自己做出的选择，她只有默默流泪。
国际饭店，程慈航和霍蜜儿的订婚仪式上，军政要员云集。霍蜜儿终于等到了心爱的人，她幸福极了，拉着程慈航准备到香火极盛的灵谷寺祈福。霍蜜儿把自己和程慈航两人的生辰八字交给明月大师，明月大师脸色突变，以不宜看卦为由拒绝给霍蜜儿算卦。霍蜜儿坚持穷根究底，赶忙追赶明月大师，小和尚让霍蜜儿到后院寻找。这边，李丽兰领着一干锦线弟子围住程慈航，她把锦线一桩桩的意外事件都算到程慈航头上，让锦线弟子把程慈航捆起来。接着，李丽兰找到霍蜜儿并告诉她，程慈航已经跟欧阳倩跑了。
订婚仪式即将开始，程慈航却迟迟未到，霍然很是着急，面对军政要员，霍然感到奇耻大辱，他冲着莫采石大发一通脾气。莫采石没有想到事情会变成这样，他非常担心程慈航的安危，但是为了守住心中的秘密，莫采石也无可奈何。
这边，程慈航被锦线弟子押到马太太墓前。程慈航感激马太太的救命之恩，立即跪在马太太墓前。这时，欧阳倩匆匆赶到，让人放了程慈航。李丽兰生气地告诉程慈航，欧阳倩为了替他接任锦线掌门职位，发誓终身不嫁。李丽兰的一番话，让程慈航如梦方醒，他这才明白欧阳倩的良苦用心。欧阳倩派锦线弟子护送程慈航离开墓地。
莫采石追问程慈航不参加订婚仪式是否和欧阳倩有关，程慈航谎称并没有和欧阳倩在一起，而是为了祭奠救过自己性命的锦线会长马太太，她在临终前把自己在锦线的所有记录删除干净。莫采石答应不再追究此事，他这才稍微松了口气。
第38集剧情介绍：严达庆弄巧成拙 刘振亮藏身芜湖
这边，欧阳倩以自己没那么宽广的胸怀参加程慈航的订婚仪式为由搪塞过哈金斯的询问。
痛失颜面的霍然坚持让程慈航下跪谢罪，奈何霍蜜儿见到程慈航就挽住程慈航跑了出去。程慈航不愿欺骗痴情的霍蜜儿，他真诚地向霍蜜儿道歉，叙说欧阳倩为自己做出的牺牲。程慈航告诉霍蜜儿，自己也不知道在没有彻底放下欧阳倩之前，到底该不该娶她。霍蜜儿为程慈航的真诚打动，坚信一定会等到程慈航心甘情愿娶她的那一天。
霍蜜儿决定和程慈航一起到马太太墓前拜祭。欧阳倩把这一切看在眼里，她身负锦线掌门重任，只得忍痛放弃这段刻骨铭心的爱情，她对于程慈航和霍蜜儿只有深深的祝福。
程慈航答应霍蜜儿，只要找到五九档案，就不再当首席大侦探，到时候把一切放下全心对待霍蜜儿，霍蜜儿眼中满满的都是幸福。别看霍蜜儿在程慈航跟前乖巧可爱，但在老爸跟前却是刁蛮任性，她告诉老爸，自己非程慈航不嫁。被女儿气得晕头转向的霍然向自己的得意门生严达庆诉苦，严达庆以程慈航和欧阳倩旧情复燃为由，借机火上浇油，他怂恿霍然废了程慈航，以绝后患。严达庆精心安排了一场让程慈航英雄救美的故事，他让人把程慈航和被救洋妞卡加的亲密行为全部拍照。霍然接到照片，假装愤怒，他让霍蜜儿认清程慈航的真实面目。霍蜜儿要找程慈航问个清楚，这时，严达庆来访。
锦线弟子密报，一位归隐多年的叶老前辈在家中遇害，在家中发现戚成祖留下的一封信，欧阳倩决定和方捷一起看看此信的内容。原来，戚成祖在信中把一位名叫杨展的国军少校托付叶老前辈，欧阳倩推测杨展应该就是刘振亮。方捷立即搜查杨展房间，发现芜湖一位名叫毛红萼的女子写给杨展的信。欧阳倩猜测刘振亮应该在芜湖，她决定到芜湖查找刘振亮和五九档案的下落。原来，毛红萼的父亲是大通银行的董事长。刘振亮和毛红萼在芜湖形影不离，身边有很多保镖。欧阳倩决定让程慈航帮忙逮捕刘振亮。
程慈航不知道卡加怎么把电话打到警察厅的，他想拒绝卡加共进晚餐的邀请，卡加坚持在六华春饭店等待，程慈航只得答应。霍然安排严达庆密切注意程慈航的动向，抓住现行，给程慈航颜色看看。霍蜜儿无意听到了严达庆和霍然的电话，她意识到程慈航面临巨大的危险，立即向六华春饭店跑去，她愿意用生命解救程慈航。
六华春饭店，卡加看到程慈航就热情地保住他，坚持把当日程慈航当日垫付的医药费塞到程慈航兜里，然后借口催菜离开房间。霍蜜儿冲进房间，告诉程慈航有人要陷害他。程慈航拿出卡加给的医药费，霍蜜儿抢过就跑。这时，军统特务过来搜查程慈航，一无所获后才恍然大悟似得连连道歉。霍蜜儿跑出门外，遭到军统人员的阻拦，从霍蜜儿身上找到一些卢布、中共的宣传单和国军的机要文件。程慈航看到被抓走的霍蜜儿，他的心一下子揪了起来，意识到霍蜜儿是用生命把自己从阴谋陷阱里救了出来，程慈航要不惜一切代价救出霍蜜儿。
宝贝女儿被抓，一番协调无果后，霍然只好找莫采石讨主意。这时，程慈航过来说此事因为自己而起，将不惜一切代价营救蜜儿。经程慈航提醒，霍然才明白是严达庆陷害程慈航搞得鬼。莫采石让程慈航把严达庆抓来，让严达庆到军统自首，只有救出霍蜜儿才能免他一死。救出霍蜜儿之后，莫采石的心情有些舒畅，严达庆的作为助推了程慈航和霍蜜儿之间的情感，程慈航也许会将注意力放到霍蜜儿身上，莫采石希望程慈航能因此忘了五九档案，他甚至开始憧憬将来移民美国的幸福生活。
莫采石为了拉拢严达庆，让他到茅山监狱躲避风头。感觉被霍然完全抛弃的严达庆决心报复程慈航，他找人偷袭程慈航。程慈航为了保护蜜儿，受伤之后，打退歹徒，程慈航借机劝霍蜜儿离开自己。
经过这般生离死别，霍蜜儿更离不开程慈航。
第39集剧情介绍：刘振亮罪有应得 刘阿常欲言又止
霍蜜儿当晚就住在程慈航家里，第二天一早给程慈航做好了早餐。程慈航看到霍蜜儿为自己做出那么大的改变，受了那么多委屈，他要和这个心中只装着自己的女孩结婚。霍蜜儿终于等到了这幸福的一天，她孩子般地蹦着跳着。霍蜜儿拿出结婚证，霍然认为女儿结婚过于简单，他告诉程慈航，要让莫采石代表家长下聘礼、办宴席、光明正大地把霍蜜儿迎娶到莫家。程慈航答应霍然，所有条件都会答应，因为自己真心爱着霍蜜儿，不能让她受丝毫委屈。
爱情的滋润让霍蜜儿整日笑靥如花，她对程慈航照顾得无微不至。李丽兰找到新婚燕尔的程慈航，把刘振亮的消息告诉了他。程慈航早就想从刘振亮那里得到五九档案的下落，听闻这个消息，立即带着刘阿常等人奔赴芜湖。他们发现毛红萼和化名杨展的刘振亮走进咖啡厅，程慈航立即部署抓捕刘振亮的任务。刘振亮敏锐地感觉到事情不对，他对毛红萼谎称上卫生间，想借机逃跑，被守在门口的程慈航用枪顶住脑门。抓住刘振亮后，程慈航命令汽车全速开往南京，不仅仅是害怕毛红萼的父亲势力太大，更主要的是想摆脱欧阳倩。欧阳倩发现程慈航没有兑现承诺，而是匆匆赶往南京。欧阳倩理解程慈航这样做的苦衷，她安排锦线弟子到南京找程慈航。
警察厅哨兵以莫厅长特别安排为由拒绝欧阳倩进入警察厅，连已经做了刑侦处长的关天平出面也不能解决这个问题，欧阳倩只好悻悻离去。关天平在警察厅见到程慈航就问霍蜜儿被军统逮捕的事情，程慈航误以为关天平是中统或者军统的骨干。虽然欧阳倩和程慈航对自己的态度是冷冰冰的，但是关天平知道，自己和欧阳倩以及程慈航的目标是一致的，他坚信自己一定会把这两个人团结在一起。组织上同意了关天平团结程慈航的想法。
这边，欧阳倩找到正在陪霍蜜儿逛街的程慈航，她让程慈航把刘振亮交给锦线。程慈航告诉欧阳倩，三天后将处死刘振亮，同时把载着刘振亮的囚车所走的路线。三天后，囚车拉着刘振亮开赴刑场。得知确切消息的锦线弟子半途截下刘振亮，押着刘振亮直奔马太太墓前。犯人被劫，霍然让莫采石尽快查找嫌疑人。莫采石找程慈航寻找凶手，程慈航以自己正在休假为由拒不接受任务，他告诉莫采石，刘振亮难逃一死。
锦线叛徒刘振亮终于被押到马太太墓前，他想用五九档案换回自己的性命，他告诉欧阳倩，五九档案藏在毛家别墅。欧阳倩信守承诺，答应放刘振亮一条生路。刘振亮匆匆逃跑，没跑多远就被齐掌柜一枪结果性命。欧阳倩让人把刘振亮的尸体交给警察厅，她不想和莫采石结怨。
刘阿常妻子病重住院，作为在一起出生入死的兄弟，程慈航和霍蜜儿前去看望。刘阿常非常感动，他知道自己的所作所为不配做程慈航的兄弟，正当刘阿长想叙说真相，莫采石恰好赶来，刘阿常欲言又止。程慈航坚持让莫采石先走，自己留下陪刘阿常一起照顾病人。程慈航看到失去妻子的刘阿常神情恍惚，听到刘阿常撕心裂肺的哭喊。
莫采石借口时局混乱，让霍蜜儿抓紧时间举办婚礼。莫采石怎么都没想到程慈航会这么快就回到了五九档案这条线索上，他感到程慈航离他手中的秘密越来越近，莫采石感到莫名的恐惧，他只有通过霍蜜儿阻止程慈航快速前进的脚步。
第40集剧情介绍：三朝耗子觉醒 陪都之鹰身亡
深受总裁器重的莫采石自从当上厅长后，夙兴夜寐，从未睡过安稳觉。现在，他有一种不祥的预感，莫采石知道想全身而退实为不易，他想让妻子到美国生活。
三朝耗子刘阿常平日里唯唯诺诺，历来都是被人利用，他被真诚相待的程慈航感动。刘阿常劝程慈航跟霍蜜儿远走高飞，离开警察厅，因为莫厅长待程慈航不公，刘阿常把话说到这里，又欲言又止。接着，刘阿常告诉程慈航，自己准备借经书读读，借以减轻罪孽。
程慈航和霍蜜儿再次到灵谷寺祈祷，程慈航想帮刘阿常到藏经阁借《妙法莲华经》，霍蜜儿欣然答应。程慈航和霍蜜儿来到藏经阁，发现藏经阁门口戒备森严。程慈航拿出证件，进入藏经阁，霍蜜儿立即拉着程慈航四处查看藏经阁的稀世孤本。僧人告诉霍蜜儿，藏有稀世孤本的后堂有宪兵封锁，外人很难入内。果然如此，程慈航和霍蜜儿刚到后堂门口，就有名军官阻拦他们进入，原来，没有蒋委员长的手谕和中正剑任何人都不得进入。藏经阁如此戒备森严，程慈航很是不解。离开藏经阁，程慈航发现附近地面上散落有和青铜馆被盗现场一样的绿漆瓦片。
哈金斯询问欧阳倩近阶段的行踪，欧阳倩谎称自己一直在各处秘密调查五九档案。欧阳倩提供了五九档案可能在芜湖的消息，哈金斯认为为和美军情报处掌握的一致。欧阳倩得知美国顾问团已经知道五九档案藏身毛家的消息后，准备找程慈航帮忙抢回五九档案。程慈航从欧阳倩那里知道消息后，立即找莫采石开具搜查令。程慈航拿到搜查令带人直奔芜湖而去，关天平看到程慈航行色匆匆地外出执行任务，他意识到五九档案即将浮出水面，他要寻求一切可以帮助自己的力量。关天平找到锦线高手李丽兰，他想让李丽兰帮助自己查找五九档案。
这边，刘阿常已经不再再做违背良心的事情，他拒绝了莫采石让自己跟踪程慈航的要求。心力交瘁的莫采石面对程慈航的步步紧逼，只能层层设防，他害怕程慈航把注意力转移到自己身上，到时候五九档案就会岌岌可危。莫采石做了一个危险的决定，他让已经被自己收买的严达庆抢回五九档案。
程慈航和欧阳倩到芜湖毛公馆门口，发现一群黑衣人抱着五九档案匆匆逃出毛家。程慈航和欧阳倩急忙追赶，对峙，搜索……惊心动魄的枪战之后，黑衣人头目抱着铁匣子仓皇逃窜，程慈航紧追不舍。程慈航飞身扑倒黑衣人，扯下黑巾，发现此人竟然是严达庆。穷凶极恶的严达庆掏出匕首向程慈航刺来，几个回合，就被程慈航夺下匕首踢翻在地，铁匣子掉在一旁。程慈航急忙向铁匣子走去，严达庆趁机拾起手枪，扣动扳机。追踪而至的欧阳倩看到程慈航非常危险，扑过去挡在程慈航身后，枪响处欧阳倩中弹倒下。程慈航一把揽住欧阳倩，开枪射杀严达庆。这时，哈金斯匆匆赶到，要拿回五九档案，伤心欲绝的程慈航逼着哈金斯放下五九档案。时光好像静止，世间好像只有程慈航和欧阳倩两人，欧阳倩偎依在程慈航怀里，倾诉对程慈航的爱恋……欧阳倩在程慈航的安然离去。程慈航回忆起自己和欧阳倩相识以来的点点滴滴，深爱着这个女孩的程慈航陷入痛苦之中。
首都警察厅，专家小心翼翼地打开铁匣子，里面装的是手抄日文版《源氏物语》！两个铁匣子都已找到，虽然没有找到五九档案，莫采石和霍然都认为警方再立新功。
这边，莫太太离开南京飞往美国。看到妻子远去的背影，莫采石害怕程慈航发现这一切都源于自己精心设计的迷局，他更害怕失去自己挚爱的程慈航。
第41集剧情介绍：莫采石杀人灭口 刘阿常失足溺亡
吃了哑巴亏的哈金斯找莫采石兴师问罪。莫采石告诉哈金斯，严达庆勾结江湖人士，已经被警察厅开除。
欧阳倩的牺牲给程慈航重重一击，霍蜜儿也不知道该如何安慰程慈航。程慈航整日借酒浇愁，已经把程慈航当做兄弟的刘阿常精心照顾他。程慈航认为是自己的固执害了欧阳倩，自己罪孽深重。刘阿常告诉程慈航，自己早就知道五九档案是假的，其实只有一只铁匣子流到江湖上，随后又出来一只一模一样的铁匣子，背后一定有高人参与。刘阿常把喝得醉醺醺的程慈航送回家中。霍蜜儿抱着程慈航直到第二天天亮，她安慰程慈航，人死不能复生，欧阳倩也不想看到他这样消沉颓废的样子。霍蜜儿的一番话点醒了程慈航，他必须振作起来，沿着欧阳倩的足迹继续走下去，找到五九档案完成终极使命。程慈航想起昨晚刘阿常所说的关于五九档案的情况，他立即把刘阿常叫到偏僻的地方询问内情。刘阿常说是政府宣称只有一只铁匣子。刘阿常的话让程慈航想到莫采石经常说五九档案高深莫测，他相信莫采石一定知道内情。面对程慈航的质疑，莫采石假装自己什么都不知道。程慈航回想起种种过往，他怀疑给自己设置障碍的就该是他敬爱的莫叔叔。程慈航让刘阿常帮自己查查到底是谁安排严达庆到茅山监狱做后勤官。茅山监狱的老汪马上就把这个情况告诉莫采石，莫采石勃然大怒。他派人伺机做掉刘阿常，刘阿常发现有人跟踪自己，不动声色急忙回家。一直跟着刘阿常的两个神秘人，等到半夜对着刘阿常的床铺一通扫射。
躺在警察厅的莫采石经常从恶梦中惊醒，他为了守住五九档案的秘密，不辜负总裁的厚爱，不惜牺牲多人的生命。幕后主使莫采石本以为可以高枕无忧，没想到程慈航靠着超强的侦破能力，让他手中存着的铁匣子也变得岌岌可危，莫采石几近崩溃，他不知道这种度日如年的日子什么时候才能到头。
第二天，莫采石打开保险柜，看到铁匣子静静地躺在里面，这才稍稍放心。他走到办公室，发现刘阿常赫然站在自己面前！原来，昨晚刘阿常发现事情不妙后，在被窝里放了几个枕头，认为自己无路可逃的刘阿常今天要当面找莫采石领死。听到刘阿常这一番感人肺腑的话，莫采石让他离开南京，永远不要回来。受到威胁的刘阿常从莫采石办公室出来正好碰到程慈航，他对严达庆的事情闭口不谈，相反劝程慈航带着霍蜜儿远走高飞。这一幕又被莫采石看到，他不知道刘阿常到底对程慈航说了什么，莫采石决定改变放过刘阿常的想法，一定要杀之灭口。
当夜，程慈航找刘阿常无果，他感觉真相就在刘阿常身边。程慈航在街头边走边想，突然，发现有人跟踪自己。原来，他已经被小野等人盯上。
第二天，警方在玄武湖附近发现刘阿常的尸体。
第42集剧情介绍：藏经阁大有秘密 莫采石原是主使
警员告诉程慈航，尸检显示刘阿常是酒后失足溺水身亡。程慈航发现刘阿常手中紧紧攥着一个玉佛。刘阿常的被杀，似一道闪电把程慈航心照得通亮，又被撕得隐隐作痛，他已经可以把事情的始末完整地还原出来，但还缺乏五九档案的下落。
程慈航不知道刘阿常握着这个玉佛到底想说明什么，他在刘阿常家中发现《妙法莲华经》中藏着严达庆在茅山监狱的档案，原来安排严达庆到茅山监狱工作的竟然是莫采石，程慈航的莫叔叔。所有的链条都能串起来了，程慈航一下陷入进退两难的境地，他不知道该何去何从。这时，座钟的报时惊醒了程慈航，他仔细观察座钟，发现竟然不是父亲的遗物，原来，莫采石一直都在骗自己！
程慈航到灵谷寺还经书时得知，宪兵队入住藏经阁是在受降式的第二天。他想到以前查侍从室时有个特别行动队，他们一直守护着某处藏经地方。程慈航这时又想起原来发现的绿色漆皮，他把所有的线索放在一起，推断出五九档案就在藏经阁，程慈航要进藏经阁一探究竟。
程慈航赶到警察厅，就被关天平拉到屋子里。关天平向程慈航坦诚自己是共产党员，他希望程慈航能够帮自己的组织找到五九档案，交给远东国际法庭，为四万万中国同胞报仇。关天平邀请程慈航为了民族利益加入共产党。程慈航以自己是独立大侦探为由拒绝了关天平的邀请，关天平承诺愿意无条件帮助程慈航找五九档案。这边，霍蜜儿为了帮程慈航弄到委员长手谕，她闯进霍然办公室，逼走卫兵，找到蒋介石给霍然一道的手谕，找人仿制了一张总裁手谕。
莫采石被五九档案这个魔咒折磨得寝食难安，他即将崩溃，甚至闻到了死亡的气息。这时，孙副官送来侍从室要求用五九档案和美国人谈判的密函，莫采石长长地松了口气，一时悲喜交加。莫采石找到哈金斯，代表政府和哈金斯商谈交易五九档案的条件，莫采石提出要一大笔资金，好安排程慈航和霍蜜儿到美国生活。
条条线索直指莫采石就是五九档案的持有人，程慈航决心和关天平、方捷等人联手寻找五九档案。这时，觊觎五九档案已久的小野等人闻风而至。
第43集剧情介绍：审战犯正义得伸张
莫采石怎么也想不到自己日夜守护的五九档案会不翼而飞。当莫采石从哈金斯那里回到警察厅，打开保险柜不见了五九档案，他惊恐万分。
这时，程慈航打电话要见他，莫采石看到程慈航手中赫然拿着那个装着五九档案的铁匣子。程慈航指责因为莫采石的愚忠，隐瞒了五九档案，造成许许多多无辜的人为此失去生命，特别是欧阳倩寻找五九档案的目的在于将之公布于众，以惩罚日本战犯。程慈航指出从一开始就是莫采石围绕五九档案设的骗局，目的在于给蒋介石政府和美国人谈判增加一张筹码。莫采石看程慈航把整个过程分析得清清楚楚，以保护程慈航为由，解释隐瞒五九档案的原因。程慈航感激莫叔叔能替自己着想，但是，五九档案是日本侵略者在战争中用中国人做活体实验的罪证，用五九档案为筹码和美国人谈判无异于汉J行为。程慈航劝说亲临过抗日战场而无所畏惧的莫采石想一想日寇的侵略暴行，劝莫采石要以民族大义为重，把五九档案交给远东国际法庭，将日寇罪行公之于众。莫采石陷入深深的思索中，程慈航告诉莫采石，他精心守护的五九档案不见得是真的，也可能是蒋介石舍车保帅的一个赝品。莫采石仔细回忆和五九档案相关联的每个细节，他终于明白，蒋介石早就派人把五九档案调过包了。程慈航看到莫采石已有悔意，跪在地上请求他成全自己“苟利国家生死以，岂因祸福避趋之”的民族大义，帮助自己夺回五九档案。程慈航这番慷慨陈词、铿锵有声的言语，深深打动了莫采石，莫采石找到了作为中国人的良心。他把视为生命的中正剑转交给程慈航，然后，莫采石通知哈金斯来看五九档案，借机把哈金斯抓了起来，他要给程慈航争取宝贵的时间。自知无法交差的莫采石最后在办公室自杀身亡，一代将星陨落。
这边，中田命令小野紧跟程慈航，必须找到五九档案。
程慈航手捧中正剑，拿着总裁手谕，进入灵谷寺藏经阁，以美国特使飞机就要起飞为由，阻止宪兵打电话向上峰求证，然后取出五九档案。
霍然得知莫采石自杀的消息，知道程慈航将往藏经楼寻找五九档案，他准备组织警力强行阻止程慈航。霍蜜儿听到爸爸打的电话，意识到程慈航会有危险，为了程慈航，她控制住爸爸霍然，逼着司机把车开往灵谷寺。
霍蜜儿看到程慈航抱着铁匣子走了出来，连忙让司机停车。霍蜜儿刚刚下车，一直关注程慈航行踪的中田就命令手下开枪，方捷和锦线弟子慌忙抵抗。混乱中，中田抓住了霍蜜儿，以此要挟程慈航把五九档案交出来。程慈航答应中田，可以把五九档案交给他，但是必须放了霍蜜儿。程慈航放下铁匣子，狡猾的中田把霍蜜儿打翻在地，捡起箱子冲着程慈航扣动扳机，没成想子弹已经打光了，众人立即围住了中田。国仇家恨，程慈航要亲手杀了中田。他仿佛看到了小玉和欧阳倩等人惨死的景象，每一拳每一脚都充满仇恨的力量，暴揍中田口吐鲜血而亡。程慈航赶忙跑到霍蜜儿身边，一贯任性的霍蜜儿此时越来越虚弱，偎依在程慈航怀里慢慢地闭上了那双美丽的眼睛。
一九四六年五月三日，远东国际法庭，五九档案作为不可或缺的有力证据，揭露了日本军国主义犯下的滔天罪行，伸张了和平与正义。
有诗为赞：
莫采石中将为厅长，受重任终日心惶惶。
巧布局怎奈对手强，晓大义不再为虎伥。
程慈航冒险寻档案，为民族雪耻美名扬。
国羸弱人民无尊严，求富强国耻不敢忘。
愿世界永远充满和平正义的阳光！！
