第三季接着CIA总部被炸开始，男主被索尔送到哥伦比亚避风头，女主寻找事情源头。
此时索尔被任命CIA临时局长处理工作，发现伊朗革命卫队二号人物可以被策反，于是和女主设计了一个圈套使其上钩，被策反后发现爆炸源头正是革命卫队一把手所为，男主重返美国，认为自己该给世人一个交代，假意投奔伊朗，居然在革命卫队办公室将一把手干掉，后被擒之，被吊死。女主伤心欲绝，二把手成功上位，索尔被赶下台。 《国土安全》第三季的故事主要围绕着CIA的特工和伊朗革命卫队之间的冲突展开。
在第三季中，主角布洛迪（由戴米恩·路易斯饰演）被外界认定为是CIA总部爆炸案的凶手，出逃后被委内瑞拉地头蛇抓住。后来，索尔（由曼迪·帕廷金饰演）代理CIA局长，与卡莉（由克莱尔·丹妮丝饰演）合作，成功擒获了伊朗策划的这起CIA总部爆炸案的头目杰瓦迪（由肖恩·托布饰演）。
在成功抓住杰瓦迪后，索尔说服了布洛迪潜入伊朗，刺杀伊朗革命卫队最高领导人。布洛迪成功完成了这个任务，然后杰瓦迪接任了伊朗革命卫队。
然而，在美国总统的要求下，CIA没有为布洛迪执行撤离计划。尽管布洛迪在伊朗的任务成功了，但他最终还是被绞死了，以此来换取日内瓦伊朗核问题的谈判成功。至于索尔和卡莉，他们在第三季的结局中并没有在一起。
至于具体的情节细节和男女主角的命运走向，建议观看原剧或查阅相关剧评。 美剧《国土安全》一共七季，讲述的是中情局女特工卡莉执行反恐任务时遇到的，充满阴谋和戏剧的冒险经历。

美国士兵尼古拉斯布洛迪在伊拉克失踪十年后回到美国，成了大家心目中的英雄，但中情局女特工卡莉马西森却收到匿名举报信，成尼古拉斯已经叛变，成了基地组织的间谍。

卡莉试探着调查尼古拉斯，坚信尼古拉斯布洛迪就是基地组织派来的特工，但卡莉和尼古拉斯意外相爱，卡莉陷入深深的迷惘中。《国土安全局》第二季并没有承接第一季的结局，而是跳转到卡莉接受电击疗法后六个月。

卡莉身体恢复良好，在中情局当了一名老师，尼古拉斯也终于有了一席之地，但尼古拉斯很快就开始窃取美方警报交给基地组织。卡莉和尼古拉斯依然无法真心实意地在一起生活。

从第三季开始，卡莉已经没有过多时间考虑个人问题了，因为卡莉先是帮忙收拾CIA残局，还要面对恐怖袭击带来的轩然大波，美国史上头号恐怖嫌疑犯又尚未落网。

第四季中，卡莉以情报官身份在外国首都招募情报线人，和别国政府打交道的同时，还要应付支援团队、大使馆等方方面面的为难，卡莉人在异地，举步维艰。

第五季中，卡莉不断拒绝奎恩的示爱，又因为索尔支持和恐怖分子和谈恼怒，偏偏又赶上机密泄露，卡莉心心念念的普通生活再一次离她远去。

第六季，美国总统换届，卡莉和奎恩等人遭到新任女总统的怀疑，卡莉和奎恩也对新总统能否坐稳宝座表示怀疑，但危险将至，来不及思考其他问题了。

第七季中，女总统基恩违背了对卡莉的承诺，避开法律程序逮捕数百名情报员，就连索尔也被带走了，那时卡莉已经离开基恩，只能靠一己之力解救被逮捕的情报员。